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狂暴小子

新虫 (正式写手)

[求助] qPCR引物设计问题(急急急急急!) 已有1人参与

请求各位虫友的帮助:
本人即将要做qPCR—菌种定量的实验,我想的是针对目的菌株设计出特异性引物,其他杂菌不会扩增出相应的基因,请问要怎样设计这种类型的特异性引物呢,我看了很多硕博论文,还不是特别明白,希望虫友能够指点迷津,已经卡在这个点卡了一个多星期了,一直没有进展。
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狂暴小子

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yipobing at 2019-04-10 15:59:44
首先,尽可能先确定你的模板(如果是混合菌的话)有哪些,尽可能从ncbi 或者ucsc 找到 RNA 序列,一般已发表或者已上传的数据知道菌株信息都能找到。确定这些你就能确定特异性部分了,然后设计引物,推荐一个好用的 ...

好的好的,十分感谢

发自小木虫Android客户端
5楼2019-04-15 19:36:39
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查看全部 9 个回答

美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做


2楼2019-04-09 09:25:34
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王艳xinwei

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2019-04-09 22:03:34
你可以查找该目的菌种相关文献,最好找到全基因组序列,可以找到该菌种某些基因序列的登陆号,从ncbi中得到全序列,再利用引物设计软件设计特异性引物,一般定量引物比较短,扩增前段200pb左右;如果没有公布的目的基因全长或前段,你可以找其他菌种具有公开的基因全长设计非特性引物,再对你的目的菌进行扩增,测序,比对等鉴定过程;另一种方法就是设计某一基因的引物,做race获得基因全长,再设计定量引物;最后另一种方法就是拿钱让试剂公司做该菌种的转录组测序,在获得的结果中找到你感兴趣的基因设计定量引物!以上方法仅供参考!

发自小木虫IOS客户端
坚持就是胜利
3楼2019-04-09 09:47:39
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yipobing

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2019-05-29 22:54:35
首先,尽可能先确定你的模板(如果是混合菌的话)有哪些,尽可能从ncbi 或者ucsc 找到 RNA 序列,一般已发表或者已上传的数据知道菌株信息都能找到。确定这些你就能确定特异性部分了,然后设计引物,推荐一个好用的在线软件https://sg.idtdna.com/site/accou ... uest%2FHome%2FIndex
希望有帮助
4楼2019-04-10 15:59:44
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