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p天天天蓝

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI BLAST和构建发育树,哪种方法能够更准确地确认序列的种属 已有1人参与

求助!!!!
       最近在构建发育树的时候发现个问题:我自己扩增出来的序列(环境样品),在NCBI上与已知种属序列A的相似度到达98%。可是在构建发育树的时候,我自己扩增出来的序列,怎么都跟参考序列A建不到一簇,反而跟参考序列B建到一块了(其中,参考序列A和参考序列B属于同一个属,但是不同种)。而与参考序列A的相似度仅为95%的序列,竟与参考序列A建到一簇了。为什么?????
       1、细菌16S的序列,相似度为多少能归到一个种?
       2、NCBI BLAST的结果与发育树的结果为什么不能一一对应?哪个方法更能确认序列的种属呢?
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p天天天蓝

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by xp198766 at 2018-04-18 15:09:58
有没有做align,有没有两端截齐,序列长度多少?aa还是nt序列?是选择的NJ吗?

建树之前有比对,以我测序得到的序列为准,对其他参考序列进行修剪。是16S的序列,不是功能基因。邻接法和极大似然法都试过了,都不行。
9楼2018-04-18 16:52:26
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上善若水白杨

金虫 (小有名气)

我扩增出来的序列,在NCBI上对比,几乎都是99%,下载下来序列后去MEGA上对比,星号很少,就是一样的很少,为什么呢?

发自小木虫Android客户端
热爱科研,满腔热血。
2楼2018-04-16 23:42:56
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p天天天蓝

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 上善若水白杨 at 2018-04-16 23:42:56
我扩增出来的序列,在NCBI上对比,几乎都是99%,下载下来序列后去MEGA上对比,星号很少,就是一样的很少,为什么呢?

你是不是应该只下载比对上的那一段序列?
3楼2018-04-17 09:21:19
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-04-18 08:26:58
你是不是挑选的序列都比较相似?建议找一些近缘物种的,不是太相似的序列放一起建树,如果你所有序列之间都比较相似,软件也不好区分。
4楼2018-04-17 13:48:28
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