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p天天天蓝

新虫 (初入文坛)

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[求助] NCBI BLAST和构建发育树，哪种方法能够更准确地确认序列的种属已有1人参与

求助！！！！
   最近在构建发育树的时候发现个问题：我自己扩增出来的序列（环境样品），在NCBI上与已知种属序列A的相似度到达98%。可是在构建发育树的时候，我自己扩增出来的序列，怎么都跟参考序列A建不到一簇，反而跟参考序列B建到一块了（其中，参考序列A和参考序列B属于同一个属，但是不同种）。而与参考序列A的相似度仅为95%的序列，竟与参考序列A建到一簇了。为什么？？？？？
   1、细菌16S的序列，相似度为多少能归到一个种？
   2、NCBI BLAST的结果与发育树的结果为什么不能一一对应？哪个方法更能确认序列的种属呢？

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1楼 2018-04-16 20:52:55

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xp198766

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【答案】应助回帖

系统树构建过程中，序列之间的相似度并不是与NCBI的相似度一致，NCBI中ACTG是没有差别的差异，但是构建系统树都会用过一些方法，这些方法中会规定A变成C和A变成T两种情况的差异分别是多少，因此会有一些偏差，NJ的结果不理想，可以考虑ML和bayes，ML需要先进行模型检验，得到最优模型再建树

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10楼2018-04-18 17:30:24

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我扩增出来的序列，在NCBI上对比，几乎都是99％，下载下来序列后去MEGA上对比，星号很少，就是一样的很少，为什么呢？

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热爱科研，满腔热血。

2楼2018-04-16 23:42:56

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