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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » NCBI BLAST和构建发育树，哪种方法能够更准确地确认序列的种属
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p天天天蓝

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI BLAST和构建发育树，哪种方法能够更准确地确认序列的种属 已有1人参与

求助！！！！
       最近在构建发育树的时候发现个问题：我自己扩增出来的序列（环境样品），在NCBI上与已知种属序列A的相似度到达98%。可是在构建发育树的时候，我自己扩增出来的序列，怎么都跟参考序列A建不到一簇，反而跟参考序列B建到一块了（其中，参考序列A和参考序列B属于同一个属，但是不同种）。而与参考序列A的相似度仅为95%的序列，竟与参考序列A建到一簇了。为什么？？？？？
       1、细菌16S的序列，相似度为多少能归到一个种？
       2、NCBI BLAST的结果与发育树的结果为什么不能一一对应？哪个方法更能确认序列的种属呢？
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1楼 2018-04-16 20:52:55
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！

【答案】应助回帖

系统树构建过程中，序列之间的相似度并不是与NCBI的相似度一致，NCBI中ACTG是没有差别的差异，但是构建系统树都会用过一些方法，这些方法中会规定A变成C和A变成T两种情况的差异分别是多少，因此会有一些偏差，NJ的结果不理想，可以考虑ML和bayes，ML需要先进行模型检验，得到最优模型再建树
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10楼2018-04-18 17:30:24
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上善若水白杨

金虫 (小有名气)
我扩增出来的序列，在NCBI上对比，几乎都是99％，下载下来序列后去MEGA上对比，星号很少，就是一样的很少，为什么呢？

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热爱科研，满腔热血。
2楼2018-04-16 23:42:56
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p天天天蓝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 上善若水白杨 at 2018-04-16 23:42:56
我扩增出来的序列，在NCBI上对比，几乎都是99％，下载下来序列后去MEGA上对比，星号很少，就是一样的很少，为什么呢？

你是不是应该只下载比对上的那一段序列？
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3楼2018-04-17 09:21:19
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-04-18 08:26:58
你是不是挑选的序列都比较相似？建议找一些近缘物种的，不是太相似的序列放一起建树，如果你所有序列之间都比较相似，软件也不好区分。
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4楼2018-04-17 13:48:28
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上善若水白杨

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by p天天天蓝 at 2018-04-17 09:21:19
你是不是应该只下载比对上的那一段序列？...

好的，我试一试～

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5楼2018-04-17 16:32:26
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上善若水白杨

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xp198766 at 2018-04-17 13:48:28
你是不是挑选的序列都比较相似？建议找一些近缘物种的，不是太相似的序列放一起建树，如果你所有序列之间都比较相似，软件也不好区分。

十分感谢，我再试一试～

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热爱科研，满腔热血。
6楼2018-04-17 16:32:56
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p天天天蓝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xp198766 at 2018-04-17 13:48:28
你是不是挑选的序列都比较相似？建议找一些近缘物种的，不是太相似的序列放一起建树，如果你所有序列之间都比较相似，软件也不好区分。

用于建树的，还有其他同属不同种的序列，也还有其他不同属的序列
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7楼2018-04-18 08:34:32
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！

【答案】应助回帖

有没有做align，有没有两端截齐，序列长度多少？aa还是nt序列？是选择的NJ吗？
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8楼2018-04-18 15:09:58
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p天天天蓝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xp198766 at 2018-04-18 15:09:58
有没有做align，有没有两端截齐，序列长度多少？aa还是nt序列？是选择的NJ吗？

建树之前有比对，以我测序得到的序列为准，对其他参考序列进行修剪。是16S的序列，不是功能基因。邻接法和极大似然法都试过了，都不行。
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9楼2018-04-18 16:52:26
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