应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » torque里修改stack size
131/2返回列表12下一页
查看: 3641  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] torque里修改stack size 已有3人参与

在一台服务器上装了torque，本机作为server也作为计算节点，但是在提交vasp计算任务时，总会遇到
mpirun noticed that process rank 14 with PID 80004 on node silverstar exited on signal 11 (Segmentation fault).
这个问题以前的解决方法是在.bashrc里面添加一行
ulimit -s unlimited
这样的话，在本机直接用mpirun运行vasp就没有报错，但是现在用torque提交计算后在任务日志里就出现这样一行
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted
所以应该是由torque提交的任务还是受内存限制，不能继续运行。
请教这个问题有什么解决办法？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2018-01-12 13:53:55
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nkleof: 金币+2, ★有帮助 2018-01-16 08:56:00
pbsdsh -u ulimit -s unlimited
赞一下 回复此楼
2楼2018-01-13 18:47:56
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by y1ding at 2018-01-13 18:47:56
pbsdsh -u ulimit -s unlimited

谢谢回复，我在pbs脚本里面加上这一行以后，出现这个错误：
PBS: ulimit: No such file or directory
pbsdsh(): task 0 exit status 254
然后vasp还是报错退出，请帮忙看看是什么原因。
赞一下 回复此楼
3楼2018-01-16 08:55:39
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

★
nkleof: 金币+1 2018-01-20 20:09:30
pbs只是作业管理系统，你如果有错误，肯定是执行程序的过程中出错，你可以先在终端执行下，有错误的地方研究下，往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，权限错误，说明这一行你普通用户执行是有错误的。
赞一下 回复此楼
4楼2018-01-18 09:03:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiangpan2015

金虫 (正式写手)
楼主知道torque软件提高任务优先级的命令吗？
赞一下 回复此楼
5楼2018-01-18 18:39:27
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lyl453433939 at 2018-01-18 09:03:10
pbs只是作业管理系统，你如果有错误，肯定是执行程序的过程中出错，你可以先在终端执行下，有错误的地方研究下，往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: ...

谢谢回复，这一行在普通用户的bashrc文件里面执行起来是没有问题的，也能解决vasp程序报的错，但是在pbs里面就无法执行，有权限问题，所以我觉得要是能让pbs解决这个权限问题就应该没问题了。
赞一下 回复此楼
6楼2018-01-20 20:11:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiangpan2015 at 2018-01-18 18:39:27
楼主知道torque软件提高任务优先级的命令吗？

抱歉，我现在只使用torque的默认排队设置，所以不了解提高任务优先级的命令。
赞一下 回复此楼
7楼2018-01-20 20:12:21
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

★
nkleof: 金币+1 2018-01-23 16:45:11
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，普通用户没有这个权限的话，可以直用root将limit -s unlimited加在/etc/profile最后面，执行的时候在pbs中加上source  /etc/profile就可以了
赞一下 回复此楼
8楼2018-01-22 11:34:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lyl453433939 at 2018-01-22 11:34:13
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，普通用户没有这个权限的话，可以直用root将limit -s unlimited加在/etc/profile最后面，执行的时候在pbs中加上so ...

谢谢回复，试了一下还是不行，

/etc/profile: line 78: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted

感觉这个问题是卡在了pbs_mom的堆栈限制，因为pbs_mom的堆栈大小是12288，所以当pbs脚本里面试图修改堆栈大小为unlimited时，超出了pbs_mom的限制，所以就报错Operation not permitted
赞一下 回复此楼
9楼2018-01-23 16:47:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商
引用回帖:
9楼: Originally posted by nkleof at 2018-01-23 16:47:20
谢谢回复，试了一下还是不行，

/etc/profile: line 78: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted

感觉这个问题是卡在了pbs_mom的堆栈限制，因为pbs_mom的堆栈大小是12288，所以当 ...

你这句命令在终端能执行不？感觉就是命令和权限的问题，关于这个限制，你得查下普通用户是怎么转接的，毕竟你root都是可以顺利执行的
赞一下 回复此楼
10楼2018-01-23 17:55:18
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nkleof 的主题更新
131/2返回列表12下一页
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 274求调剂 +7 S.H1 2026-03-18 7/350 2026-03-20 11:11 by Delta2012
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +10 墨墨漠 2026-03-18 10/500 2026-03-20 10:35 by 无际的草原
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 14/700 2026-03-20 09:30 by kkcoco25
[考研] 0703化学调剂 +10 妮妮ninicgb 2026-03-15 14/700 2026-03-19 22:59 by 学员8dgXkO
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 346求调剂[0856] +3 WayneLim327 2026-03-16 6/300 2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 297求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-17 8/400 2026-03-18 14:30 by laoshidan
[考研] 070300化学319求调剂 +6 锦鲤0909 2026-03-17 6/300 2026-03-18 13:22 by Iveryant
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 299求调剂 +5 △小透明* 2026-03-17 5/250 2026-03-18 11:49 by 尽舜尧1
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭