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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » torque里修改stack size
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nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] torque里修改stack size 已有3人参与

在一台服务器上装了torque，本机作为server也作为计算节点，但是在提交vasp计算任务时，总会遇到
mpirun noticed that process rank 14 with PID 80004 on node silverstar exited on signal 11 (Segmentation fault).
这个问题以前的解决方法是在.bashrc里面添加一行
ulimit -s unlimited
这样的话，在本机直接用mpirun运行vasp就没有报错，但是现在用torque提交计算后在任务日志里就出现这样一行
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted
所以应该是由torque提交的任务还是受内存限制，不能继续运行。
请教这个问题有什么解决办法？
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1楼 2018-01-12 13:53:55
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

★
nkleof: 金币+1 2018-01-23 16:45:11
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，普通用户没有这个权限的话，可以直用root将limit -s unlimited加在/etc/profile最后面，执行的时候在pbs中加上source  /etc/profile就可以了
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8楼2018-01-22 11:34:13
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查看全部 13 个回答

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nkleof: 金币+2, ★有帮助 2018-01-16 08:56:00
pbsdsh -u ulimit -s unlimited
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2楼2018-01-13 18:47:56
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by y1ding at 2018-01-13 18:47:56
pbsdsh -u ulimit -s unlimited

谢谢回复，我在pbs脚本里面加上这一行以后，出现这个错误：
PBS: ulimit: No such file or directory
pbsdsh(): task 0 exit status 254
然后vasp还是报错退出，请帮忙看看是什么原因。
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3楼2018-01-16 08:55:39
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

★
nkleof: 金币+1 2018-01-20 20:09:30
pbs只是作业管理系统，你如果有错误，肯定是执行程序的过程中出错，你可以先在终端执行下，有错误的地方研究下，往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，权限错误，说明这一行你普通用户执行是有错误的。
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4楼2018-01-18 09:03:10
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查看全部 13 个回答
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