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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » torque里修改stack size
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nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] torque里修改stack size 已有3人参与

在一台服务器上装了torque，本机作为server也作为计算节点，但是在提交vasp计算任务时，总会遇到
mpirun noticed that process rank 14 with PID 80004 on node silverstar exited on signal 11 (Segmentation fault).
这个问题以前的解决方法是在.bashrc里面添加一行
ulimit -s unlimited
这样的话，在本机直接用mpirun运行vasp就没有报错，但是现在用torque提交计算后在任务日志里就出现这样一行
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted
所以应该是由torque提交的任务还是受内存限制，不能继续运行。
请教这个问题有什么解决办法？
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1楼 2018-01-12 13:53:55
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nkleof: 金币+2, ★有帮助 2018-01-16 08:56:00
pbsdsh -u ulimit -s unlimited
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2楼2018-01-13 18:47:56
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by y1ding at 2018-01-13 18:47:56
pbsdsh -u ulimit -s unlimited

谢谢回复，我在pbs脚本里面加上这一行以后，出现这个错误：
PBS: ulimit: No such file or directory
pbsdsh(): task 0 exit status 254
然后vasp还是报错退出，请帮忙看看是什么原因。
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3楼2018-01-16 08:55:39
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

★
nkleof: 金币+1 2018-01-20 20:09:30
pbs只是作业管理系统，你如果有错误，肯定是执行程序的过程中出错，你可以先在终端执行下，有错误的地方研究下，往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，权限错误，说明这一行你普通用户执行是有错误的。
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4楼2018-01-18 09:03:10
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xiangpan2015

金虫 (正式写手)
楼主知道torque软件提高任务优先级的命令吗？
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5楼2018-01-18 18:39:27
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lyl453433939 at 2018-01-18 09:03:10
pbs只是作业管理系统，你如果有错误，肯定是执行程序的过程中出错，你可以先在终端执行下，有错误的地方研究下，往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: ...

谢谢回复，这一行在普通用户的bashrc文件里面执行起来是没有问题的，也能解决vasp程序报的错，但是在pbs里面就无法执行，有权限问题，所以我觉得要是能让pbs解决这个权限问题就应该没问题了。
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6楼2018-01-20 20:11:29
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiangpan2015 at 2018-01-18 18:39:27
楼主知道torque软件提高任务优先级的命令吗？

抱歉，我现在只使用torque的默认排队设置，所以不了解提高任务优先级的命令。
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7楼2018-01-20 20:12:21
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

★
nkleof: 金币+1 2018-01-23 16:45:11
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，普通用户没有这个权限的话，可以直用root将limit -s unlimited加在/etc/profile最后面，执行的时候在pbs中加上source  /etc/profile就可以了
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8楼2018-01-22 11:34:13
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lyl453433939 at 2018-01-22 11:34:13
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，普通用户没有这个权限的话，可以直用root将limit -s unlimited加在/etc/profile最后面，执行的时候在pbs中加上so ...

谢谢回复，试了一下还是不行，

/etc/profile: line 78: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted

感觉这个问题是卡在了pbs_mom的堆栈限制，因为pbs_mom的堆栈大小是12288，所以当pbs脚本里面试图修改堆栈大小为unlimited时，超出了pbs_mom的限制，所以就报错Operation not permitted
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9楼2018-01-23 16:47:20
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商
引用回帖:
9楼: Originally posted by nkleof at 2018-01-23 16:47:20
谢谢回复，试了一下还是不行，

/etc/profile: line 78: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted

感觉这个问题是卡在了pbs_mom的堆栈限制，因为pbs_mom的堆栈大小是12288，所以当 ...

你这句命令在终端能执行不？感觉就是命令和权限的问题，关于这个限制，你得查下普通用户是怎么转接的，毕竟你root都是可以顺利执行的
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10楼2018-01-23 17:55:18
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