24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3671  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] torque里修改stack size 已有3人参与

在一台服务器上装了torque,本机作为server也作为计算节点,但是在提交vasp计算任务时,总会遇到
mpirun noticed that process rank 14 with PID 80004 on node silverstar exited on signal 11 (Segmentation fault).
这个问题以前的解决方法是在.bashrc里面添加一行
ulimit -s unlimited
这样的话,在本机直接用mpirun运行vasp就没有报错,但是现在用torque提交计算后在任务日志里就出现这样一行
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted
所以应该是由torque提交的任务还是受内存限制,不能继续运行。
请教这个问题有什么解决办法?
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lyl453433939 at 2018-01-18 09:03:10
pbs只是作业管理系统,你如果有错误,肯定是执行程序的过程中出错,你可以先在终端执行下,有错误的地方研究下,往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: ...

谢谢回复,这一行在普通用户的bashrc文件里面执行起来是没有问题的,也能解决vasp程序报的错,但是在pbs里面就无法执行,有权限问题,所以我觉得要是能让pbs解决这个权限问题就应该没问题了。
6楼2018-01-20 20:11:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
nkleof: 金币+2, 有帮助 2018-01-16 08:56:00
pbsdsh -u ulimit -s unlimited
2楼2018-01-13 18:47:56
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by y1ding at 2018-01-13 18:47:56
pbsdsh -u ulimit -s unlimited

谢谢回复,我在pbs脚本里面加上这一行以后,出现这个错误:
PBS: ulimit: No such file or directory
pbsdsh(): task 0 exit status 254
然后vasp还是报错退出,请帮忙看看是什么原因。
3楼2018-01-16 08:55:39
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖


nkleof: 金币+1 2018-01-20 20:09:30
pbs只是作业管理系统,你如果有错误,肯定是执行程序的过程中出错,你可以先在终端执行下,有错误的地方研究下,往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted,权限错误,说明这一行你普通用户执行是有错误的。
4楼2018-01-18 09:03:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂 +5 小张zxy张 2026-03-26 10/500 2026-03-31 00:29 by jp9609
[考研] 22408 359分调剂 +4 Qshers 2026-03-27 7/350 2026-03-30 21:30 by Qshers
[考研] 一志愿中海洋材料357 +3 麦恩莉. 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:01 by chixmc
[考研] 279求调剂 +12 j的立方 2026-03-29 12/600 2026-03-30 20:30 by dick_runner
[考研] 367求调剂 +5 芋泥啵啵… 2026-03-28 5/250 2026-03-30 19:56 by 无际的草原
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂 +12 芋泥小铃铛 2026-03-28 12/600 2026-03-30 17:06 by wangjy2002
[考研] 化学0703 调剂 306分 一志愿211 +8 26要上岸 2026-03-28 8/400 2026-03-30 16:39 by herarysara
[考研] 化学308分调剂 +7 你好明天你好 2026-03-30 8/400 2026-03-30 13:02 by 你好明天你好
[考研] 311求调剂 +10 lin0039 2026-03-26 10/500 2026-03-30 10:26 by herarysara
[考研] 0856求调剂 +8 楒桉 2026-03-28 8/400 2026-03-30 10:00 by wzy-lxz
[考研] 一志愿211,335分,0856,求调剂院校和导师 +7 倾____萧 2026-03-27 8/400 2026-03-30 09:37 by longlotian
[考研] 299求调剂 +10 15188958825 2026-03-25 10/500 2026-03-29 17:51 by 王亮_大连医科大
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
[考研] 复试调剂 +3 raojunqi0129 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:27 by 落睿可思
[考研] 0703化学求调剂,各位老师看看我!!! +5 祁祺祺 2026-03-25 5/250 2026-03-27 21:44 by 东方猪猪
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-26 9/450 2026-03-27 11:10 by 不吃魚的貓
[考研] 中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培 +5 YangTyu1 2026-03-26 5/250 2026-03-26 18:27 by 猫咪猫咪呀
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
信息提示
请填处理意见