24小时热门版块排行榜    

查看: 4097  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] torque里修改stack size 已有3人参与

在一台服务器上装了torque,本机作为server也作为计算节点,但是在提交vasp计算任务时,总会遇到
mpirun noticed that process rank 14 with PID 80004 on node silverstar exited on signal 11 (Segmentation fault).
这个问题以前的解决方法是在.bashrc里面添加一行
ulimit -s unlimited
这样的话,在本机直接用mpirun运行vasp就没有报错,但是现在用torque提交计算后在任务日志里就出现这样一行
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted
所以应该是由torque提交的任务还是受内存限制,不能继续运行。
请教这个问题有什么解决办法?
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by y1ding at 2018-01-13 18:47:56
pbsdsh -u ulimit -s unlimited

谢谢回复,我在pbs脚本里面加上这一行以后,出现这个错误:
PBS: ulimit: No such file or directory
pbsdsh(): task 0 exit status 254
然后vasp还是报错退出,请帮忙看看是什么原因。
3楼2018-01-16 08:55:39
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
nkleof: 金币+2, 有帮助 2018-01-16 08:56:00
pbsdsh -u ulimit -s unlimited
2楼2018-01-13 18:47:56
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖


nkleof: 金币+1 2018-01-20 20:09:30
pbs只是作业管理系统,你如果有错误,肯定是执行程序的过程中出错,你可以先在终端执行下,有错误的地方研究下,往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted,权限错误,说明这一行你普通用户执行是有错误的。
4楼2018-01-18 09:03:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiangpan2015

金虫 (正式写手)

楼主知道torque软件提高任务优先级的命令吗?
5楼2018-01-18 18:39:27
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 12/600 2026-08-12 01:27 by 南京中西医
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +4 Tide man 2026-08-11 4/200 2026-08-12 00:39 by liuqidi
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +17 Lanmanbaby 2026-08-09 29/1450 2026-08-12 00:24 by zhanghaozhu
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +3 工厂打螺丝 2026-08-08 3/150 2026-08-11 13:42 by 会议编辑
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
信息提示
请填处理意见