应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » torque里修改stack size
51/1返回列表
查看: 3638  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] torque里修改stack size 已有3人参与

在一台服务器上装了torque，本机作为server也作为计算节点，但是在提交vasp计算任务时，总会遇到
mpirun noticed that process rank 14 with PID 80004 on node silverstar exited on signal 11 (Segmentation fault).
这个问题以前的解决方法是在.bashrc里面添加一行
ulimit -s unlimited
这样的话，在本机直接用mpirun运行vasp就没有报错，但是现在用torque提交计算后在任务日志里就出现这样一行
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted
所以应该是由torque提交的任务还是受内存限制，不能继续运行。
请教这个问题有什么解决办法？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2018-01-12 13:53:55
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lyl453433939 at 2018-01-22 11:34:13
/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，普通用户没有这个权限的话，可以直用root将limit -s unlimited加在/etc/profile最后面，执行的时候在pbs中加上so ...

谢谢回复，试了一下还是不行，

/etc/profile: line 78: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted

感觉这个问题是卡在了pbs_mom的堆栈限制，因为pbs_mom的堆栈大小是12288，所以当pbs脚本里面试图修改堆栈大小为unlimited时，超出了pbs_mom的限制，所以就报错Operation not permitted
赞一下 回复此楼
9楼2018-01-23 16:47:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nkleof: 金币+2, ★有帮助 2018-01-16 08:56:00
pbsdsh -u ulimit -s unlimited
赞一下 回复此楼
2楼2018-01-13 18:47:56
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by y1ding at 2018-01-13 18:47:56
pbsdsh -u ulimit -s unlimited

谢谢回复，我在pbs脚本里面加上这一行以后，出现这个错误：
PBS: ulimit: No such file or directory
pbsdsh(): task 0 exit status 254
然后vasp还是报错退出，请帮忙看看是什么原因。
赞一下 回复此楼
3楼2018-01-16 08:55:39
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

★
nkleof: 金币+1 2018-01-20 20:09:30
pbs只是作业管理系统，你如果有错误，肯定是执行程序的过程中出错，你可以先在终端执行下，有错误的地方研究下，往往是库路径的不同导致的。/home/lxm/.bashrc: line 17: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted，权限错误，说明这一行你普通用户执行是有错误的。
赞一下 回复此楼
4楼2018-01-18 09:03:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 14/700 2026-03-20 09:30 by kkcoco25
[考研] 271材料工程求调剂 +7 .6lL 2026-03-18 7/350 2026-03-20 09:10 by xingguangj
[考研] 265求调剂 +8 梁梁校校 2026-03-19 8/400 2026-03-20 09:08 by 每天只摆一小会
[考研] 304求调剂 +5 曼殊2266 2026-03-18 5/250 2026-03-20 09:00 by ZHANG0tao
[考研] 265求调剂 +6 梁梁校校 2026-03-17 6/300 2026-03-20 08:59 by ZHANG0tao
[考研] 求调剂，一志愿:南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +3 @taotao 2026-03-19 3/150 2026-03-19 14:07 by peike
[考研] 化学求调剂 +3 临泽境llllll 2026-03-17 4/200 2026-03-19 13:59 by houyaoxu
[考研] 一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 +3 Ncdx123456 2026-03-19 3/150 2026-03-19 13:18 by houyaoxu
[考研] 本科郑州大学物理学院，一志愿华科070200学硕，346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 330求调剂 +3 小材化本科 2026-03-18 3/150 2026-03-18 21:55 by 无懈可击111
[考研] 311求调剂 +4 冬十三 2026-03-18 4/200 2026-03-18 21:47 by 尽舜尧1
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭