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cifer1230

金虫 (著名写手)


[交流] q-pcr总是做不出来,我真是要死了,谁来拯救下我!!!

我普通pcr摸出条带的,做q的时候退火温度也总是不合适,一次次的摸,结果都不太好,总有引物二聚体,我都不知道退火温度咋整了,试着从引物合成报告上减3-5度,也试过用从NCBI上blast的退火温度,都没有好的结果,乱七八糟的,因为刚刚接触,我认为这样盲做也不是办法,想请教下大家。
以下是我最近做的实验,我都快崩溃了,求帮帮忙。
我的引物是生工合成的,纯化程度是ULTRAPAGE
BETA:退火温度分别是,53.4,54.6. BLAST结果是:57
fyn:退火温度分别是55.56,55.75.BLAST结果是:60
这次的实验用的温度是blast的退火温度,结果如下,惨不忍睹。
求各位有经验者指出我的问题,我将不胜感激。
还有我做的是两个引物的标准曲线

q-pcr总是做不出来,我真是要死了,谁来拯救下我!!!
AMPLIFICATION.png


q-pcr总是做不出来,我真是要死了,谁来拯救下我!!!-1
CMD.png


q-pcr总是做不出来,我真是要死了,谁来拯救下我!!!-2
MELT CURVE.png


q-pcr总是做不出来,我真是要死了,谁来拯救下我!!!-3
STANDARD CURVE.png


q-pcr总是做不出来,我真是要死了,谁来拯救下我!!!-4
标准曲线.png


q-pcr总是做不出来,我真是要死了,谁来拯救下我!!!-5
程序.png
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笑纳人生

新虫 (初入文坛)



cifer1230(金币+1): 谢谢参与
我之前也是老是出现这种问题,做了很多无用功,后来发现是引物的问题,引物买来之后没有保存好,每次扩增出来都是乱七八糟的,重新合成了引物之后就没有问题了,祝好
5楼2017-09-29 21:36:58
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cifer1230

金虫 (著名写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by 笑纳人生 at 2017-09-29 21:36:58
我之前也是老是出现这种问题,做了很多无用功,后来发现是引物的问题,引物买来之后没有保存好,每次扩增出来都是乱七八糟的,重新合成了引物之后就没有问题了,祝好

你说的引物没有保存好,是什么意思?我的引物就是放在-20℃,别的还需要怎样,我最近也在重新设计引物,都不知道咋整了?
6楼2017-09-30 08:59:27
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vivianhu0123

新虫 (初入文坛)



cifer1230(金币+1): 谢谢参与
关于退火温度,BLAST上给的只是参考值,建议你做一个gradient PCR 去确定合适的退火温度 建议55-65
关于标准曲线,从参数上看beta还行,只是R2有点低,一般在0.99左右最好。而fyn1建议重做,或者看看是否有multiple bands。
10楼2017-10-14 03:54:32
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山还在那儿

银虫 (小有名气)



cifer1230(金币+1): 谢谢参与
先做个NTC(无模板对照),如果还是出现非特异性扩增,检查试剂是否污染,若污染则是引物设计的问题,祝好!
3楼2017-09-25 10:04:19
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cifer1230

金虫 (著名写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by 山还在那儿 at 2017-09-25 10:04:19
先做个NTC(无模板对照),如果还是出现非特异性扩增,检查试剂是否污染,若污染则是引物设计的问题,祝好!

嗯嗯
4楼2017-09-25 10:49:43
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cifer1230

金虫 (著名写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by 笑纳人生 at 2017-09-29 21:36:58
我之前也是老是出现这种问题,做了很多无用功,后来发现是引物的问题,引物买来之后没有保存好,每次扩增出来都是乱七八糟的,重新合成了引物之后就没有问题了,祝好

你说的引物没有保存好,是什么意思?我的引物就是放在-20℃,别的还需要怎样,我最近也在重新设计引物,都不知道咋整了?
7楼2017-09-30 09:12:17
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vege的桌子

铜虫 (小有名气)



cifer1230(金币+1): 谢谢参与
引物的问题比较大,导致扩增效率不够,环境也可能存在污染(CT值才在20几梯度就拉不开了),你的片段是多长的?最好小于150bp
8楼2017-09-30 12:51:11
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cifer1230

金虫 (著名写手)


引用回帖:
8楼: Originally posted by vege的桌子 at 2017-09-30 12:51:11
引物的问题比较大,导致扩增效率不够,环境也可能存在污染(CT值才在20几梯度就拉不开了),你的片段是多长的?最好小于150bp

目的片段225,内参的176.太大了???
9楼2017-10-05 21:41:10
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cifer1230

金虫 (著名写手)


引用回帖:
10楼: Originally posted by vivianhu0123 at 2017-10-14 03:54:32
关于退火温度,BLAST上给的只是参考值,建议你做一个gradient PCR 去确定合适的退火温度 建议55-65
关于标准曲线,从参数上看beta还行,只是R2有点低,一般在0.99左右最好。而fyn1建议重做,或者看看是否有multipl ...

嗯嗯,谢谢您
11楼2017-10-14 09:08:32
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张at

新虫 (正式写手)



cifer1230(金币+1): 谢谢参与
12楼2017-10-16 11:01:14
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暖暖的太阳花

新虫 (初入文坛)



cifer1230(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
3楼: Originally posted by 山还在那儿 at 2017-09-25 10:04:19
先做个NTC(无模板对照),如果还是出现非特异性扩增,检查试剂是否污染,若污染则是引物设计的问题,祝好!

请问无模板对照什么意思,不加模板的话不就没有峰了吗,谢谢

发自小木虫Android客户端
13楼2017-10-18 22:36:44
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vivianhu0123

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
13楼: Originally posted by 暖暖的太阳花 at 2017-10-18 22:36:44
请问无模板对照什么意思,不加模板的话不就没有峰了吗,谢谢
...

就是要看看有没有峰,理论上是没有峰,如果你的试剂污染就会出现峰,那就要换试剂了。
14楼2017-10-19 01:46:53
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暖暖的太阳花

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
14楼: Originally posted by vivianhu0123 at 2017-10-19 01:46:53
就是要看看有没有峰,理论上是没有峰,如果你的试剂污染就会出现峰,那就要换试剂了。...

好的,知道了,谢谢

发自小木虫Android客户端
15楼2017-10-19 07:55:23
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ychmax

铁虫 (小有名气)



cifer1230(金币+1): 谢谢参与
看你的溶解曲线觉得是引物问题,建议换引物,可以去primerbank 有现成的

发自小木虫IOS客户端
16楼2018-01-19 15:33:54
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ychmax

铁虫 (小有名气)


引用回帖:
7楼: Originally posted by cifer1230 at 2017-09-30 09:12:17
你说的引物没有保存好,是什么意思?我的引物就是放在-20℃,别的还需要怎样,我最近也在重新设计引物,都不知道咋整了?...

与引物保存没关系,我可以保证的说

发自小木虫IOS客户端
17楼2018-01-19 15:34:44
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cifer1230

金虫 (著名写手)


引用回帖:
16楼: Originally posted by ychmax at 2018-01-19 15:33:54
看你的溶解曲线觉得是引物问题,建议换引物,可以去primerbank 有现成的

我的是大鼠,primerbank里面只有人和小鼠的

发自小木虫Android客户端
18楼2018-01-19 15:37:29
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ychmax

铁虫 (小有名气)


引用回帖:
18楼: Originally posted by cifer1230 at 2018-01-19 15:37:29
我的是大鼠,primerbank里面只有人和小鼠的
...

那就重新设计吧,一般设计好的引物,我都选择退货温,用仪器自带去跑都没问题。同时你用的试剂质量很重要,最好是进口的

发自小木虫IOS客户端
19楼2018-01-19 15:55:53
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cifer1230

金虫 (著名写手)


引用回帖:
19楼: Originally posted by ychmax at 2018-01-19 15:55:53
那就重新设计吧,一般设计好的引物,我都选择退货温,用仪器自带去跑都没问题。同时你用的试剂质量很重要,最好是进口的
...

嗯嗯,我想问下,您的引物设计用的什么软件,会blast吗?

发自小木虫Android客户端
20楼2018-01-19 16:12:49
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ychmax

铁虫 (小有名气)


★ ★
cifer1230: 金币+2 2018-01-20 14:05:42
我用primer5 一般我不blast

发自小木虫IOS客户端
21楼2018-01-19 19:50:30
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刘星宇

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
http://muchong.com/t-3234286-1
认真阅读这个帖子里的资料,问题好解决。
22楼2018-01-24 17:03:43
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你这有引物二聚体  重新设计引物吧
23楼2018-01-30 11:38:31
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chenshasha“

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也遇到这样的情况  同求大神相助!
24楼2018-08-06 10:03:25
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朝都2楼
2017-09-25 09:22   回复  
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
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