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测序结果分析中出现的问题
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大家好， 最近遇到一个项目，我们用的是多重PCR建库，然后上机测序的。 因为是使用NGS来检测目标的SNP位点，所以最后使用GATK 的GGA模型来获取需要的基因型。 但是我发现在一些情况下 突变碱基只有6%的时候GATK认为是野生纯合型，但是7%的时候就是杂合型了。 我的问题是： 1. 为什么使用PCR扩增的时候，如果待检测位点是杂合子，那么理论上野生等位和杂合等位不应该是1:1的比例吗？最后为啥测得有10%-70%都有？ 2. 遇到极端的情况，类似我前面提到的 6%和7%的区别咋办？ 谢谢大家！  |
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