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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于microRNA植物材料取样问题
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machao8405

木虫 (正式写手)

[求助] 关于microRNA植物材料取样问题

本人想取样对植物microRNA样品进行测序分析，为了节省成本，是否可以取地上部分（叶片）和地下部分（根系）的混合样品作为一个测序的样品呢？这样对结果有什么影响？叶片和根系的microRNA对同一处理下的响应如果相同的话，即便表达量不同，也可以通过后期单独取样做表达分析。我想知道的是，处理之后是否存在这样的情况，在某一处理之下，同一microRNA叶片表达上调，而在根系中表达却下调了，这样取混合样就会影响我对试验结果的判断，请问microRNA的表啊是否会出现我所说的这种情况，求高手解答！
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1楼 2012-09-03 18:58:31
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machao8405

木虫 (正式写手)
大虾们帮忙分析一下啊，马上就该取样了
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2楼2012-09-04 09:03:29
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-04 13:46:22
有microRNA 的表达量不仅在不同器官中表达不同，即便是不同组织中表达量也不同。而且也要考虑生物钟影响，如果你想试验一致，最好选取同一器官中相同发育阶段的植物中取，最好也选同一时间。譬如都在早晨9点取之类的。

PS：看你需要什么样的结果了，以及你文章想发的杂志了。
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知行合一，致良知！
3楼2012-09-04 10:13:10
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machao8405

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lma223 at 2012-09-04 10:13:10
有microRNA 的表达量不仅在不同器官中表达不同，即便是不同组织中表达量也不同。而且也要考虑生物钟影响，如果你想试验一致，最好选取同一器官中相同发育阶段的植物中取，最好也选同一时间。譬如都在早晨9点取之类的 ...

这个表达量不同我知道，就是跟对照相比会不会出现叶片表达上调，而在根系中出现表达下调的情况？
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4楼2012-09-04 10:50:41
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by machao8405 at 2012-09-03 21:50:41
这个表达量不同我知道，就是跟对照相比会不会出现叶片表达上调，而在根系中出现表达下调的情况？...

看你对照怎么设定的了，如果你对照同时也取叶片和根，那么即便是上调或者下调，都是同步的，如果你抛去对照的话，就是真实的上调和下调。这样应该可以的。
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知行合一，致良知！
5楼2012-09-04 10:54:08
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machao8405

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lma223 at 2012-09-04 10:54:08
看你对照怎么设定的了，如果你对照同时也取叶片和根，那么即便是上调或者下调，都是同步的，如果你抛去对照的话，就是真实的上调和下调。这样应该可以的。...

假如对照是正常的苗子，处理是干旱，如果某一种小RNA干旱条件下叶片比对照上调50%，根系比对照下调50%，那么我取混合样回来的结果不就相当于这个小RNA与对照没有差异么？这样的话，就相当于混合样不能用于本试验，对不对？
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6楼2012-09-04 11:12:16
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by machao8405 at 2012-09-03 22:12:16
假如对照是正常的苗子，处理是干旱，如果某一种小RNA干旱条件下叶片比对照上调50%，根系比对照下调50%，那么我取混合样回来的结果不就相当于这个小RNA与对照没有差异么？这样的话，就相当于混合样不能用于本试验， ...

是的，建议你去查一下你所研究的microRNA在不同器官中的表达情况（假如有的话）。不过还是强烈建议分开取。
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知行合一，致良知！
7楼2012-09-04 11:18:56
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machao8405

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lma223 at 2012-09-04 11:18:56
是的，建议你去查一下你所研究的microRNA在不同器官中的表达情况（假如有的话）。不过还是强烈建议分开取。...

3Q，这不是想着节约成本嘛，测序一个样品好贵呢
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8楼2012-09-04 11:37:41
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machao8405

木虫 (正式写手)
自己顶，大家知道的帮忙分析一下啊
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9楼2012-09-04 15:58:39
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杨树林117

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我看过一篇文献，采样时是按照时间点分别采集根系和叶片，然后分别提取各时间点RNA，等量混合，建立根系和叶片两个文库
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10楼2012-10-11 19:58:39
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