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machao8405

木虫 (正式写手)

[求助] 关于microRNA植物材料取样问题

本人想取样对植物microRNA样品进行测序分析,为了节省成本,是否可以取地上部分(叶片)和地下部分(根系)的混合样品作为一个测序的样品呢?这样对结果有什么影响?叶片和根系的microRNA对同一处理下的响应如果相同的话,即便表达量不同,也可以通过后期单独取样做表达分析。我想知道的是,处理之后是否存在这样的情况,在某一处理之下,同一microRNA叶片表达上调,而在根系中表达却下调了,这样取混合样就会影响我对试验结果的判断,请问microRNA的表啊是否会出现我所说的这种情况,求高手解答!
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machao8405

木虫 (正式写手)

大虾们帮忙分析一下啊,马上就该取样了
2楼2012-09-04 09:03:29
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-04 13:46:22
有microRNA 的表达量不仅在不同器官中表达不同,即便是不同组织中表达量也不同。而且也要考虑生物钟影响,如果你想试验一致,最好选取同一器官中相同发育阶段的植物中取,最好也选同一时间。譬如都在早晨9点取之类的。

PS:看你需要什么样的结果了,以及你文章想发的杂志了。
知行合一,致良知!
3楼2012-09-04 10:13:10
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machao8405

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lma223 at 2012-09-04 10:13:10
有microRNA 的表达量不仅在不同器官中表达不同,即便是不同组织中表达量也不同。而且也要考虑生物钟影响,如果你想试验一致,最好选取同一器官中相同发育阶段的植物中取,最好也选同一时间。譬如都在早晨9点取之类的 ...

这个表达量不同我知道,就是跟对照相比会不会出现叶片表达上调,而在根系中出现表达下调的情况?
4楼2012-09-04 10:50:41
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by machao8405 at 2012-09-03 21:50:41
这个表达量不同我知道,就是跟对照相比会不会出现叶片表达上调,而在根系中出现表达下调的情况?...

看你对照怎么设定的了,如果你对照同时也取叶片和根,那么即便是上调或者下调,都是同步的,如果你抛去对照的话,就是真实的上调和下调。这样应该可以的。
知行合一,致良知!
5楼2012-09-04 10:54:08
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machao8405

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lma223 at 2012-09-04 10:54:08
看你对照怎么设定的了,如果你对照同时也取叶片和根,那么即便是上调或者下调,都是同步的,如果你抛去对照的话,就是真实的上调和下调。这样应该可以的。...

假如对照是正常的苗子,处理是干旱,如果某一种小RNA干旱条件下叶片比对照上调50%,根系比对照下调50%,那么我取混合样回来的结果不就相当于这个小RNA与对照没有差异么?这样的话,就相当于混合样不能用于本试验,对不对?
6楼2012-09-04 11:12:16
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by machao8405 at 2012-09-03 22:12:16
假如对照是正常的苗子,处理是干旱,如果某一种小RNA干旱条件下叶片比对照上调50%,根系比对照下调50%,那么我取混合样回来的结果不就相当于这个小RNA与对照没有差异么?这样的话,就相当于混合样不能用于本试验, ...

是的,建议你去查一下你所研究的microRNA在不同器官中的表达情况(假如有的话)。不过还是强烈建议分开取。
知行合一,致良知!
7楼2012-09-04 11:18:56
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machao8405

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lma223 at 2012-09-04 11:18:56
是的,建议你去查一下你所研究的microRNA在不同器官中的表达情况(假如有的话)。不过还是强烈建议分开取。...

3Q,这不是想着节约成本嘛,测序一个样品好贵呢
8楼2012-09-04 11:37:41
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machao8405

木虫 (正式写手)

自己顶,大家知道的帮忙分析一下啊
9楼2012-09-04 15:58:39
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杨树林117

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我看过一篇文献,采样时是按照时间点分别采集根系和叶片,然后分别提取各时间点RNA,等量混合,建立根系和叶片两个文库
10楼2012-10-11 19:58:39
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