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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 测序结果分析中出现的问题
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asaki

铜虫 (小有名气)

[求助] 测序结果分析中出现的问题

大家好，

最近遇到一个项目，我们用的是多重PCR建库，然后上机测序的。

因为是使用NGS来检测目标的SNP位点，所以最后使用GATK 的GGA模型来获取需要的基因型。
但是我发现在一些情况下 突变碱基只有6%的时候GATK认为是野生纯合型，但是7%的时候就是杂合型了。

我的问题是：

1. 为什么使用PCR扩增的时候，如果待检测位点是杂合子，那么理论上野生等位和杂合等位不应该是1:1的比例吗？最后为啥测得有10%-70%都有？
2. 遇到极端的情况，类似我前面提到的 6%和7%的区别咋办？

谢谢大家！
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1楼 2017-09-08 17:31:49
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欧易

新虫 (小有名气)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-09-13 07:36:52
看你是做几倍体生物，有的GC含量太高的影响比较大，是测不准

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2楼2017-09-08 23:57:34
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asaki

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 欧易 at 2017-09-08 23:57:34
看你是做几倍体生物，有的GC含量太高的影响比较大，是测不准

人的，GC普通区域也会出现这种情况
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3楼2017-09-09 20:56:27
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欧易

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by asaki at 2017-09-09 20:56:27
人的，GC普通区域也会出现这种情况...

那就是测序的问题了

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4楼2017-09-09 21:25:39
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asaki

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 欧易 at 2017-09-09 21:25:39
那就是测序的问题了
...

XTen,应该不会那么糟糕吧，Q30毕竟超过92%了
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5楼2017-09-12 21:00:44
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