| 查看: 1620 | 回复: 4 | ||
Pipig金虫 (小有名气)
|
[求助]
【TAIL-PCR】分析结果详述
|
|
8-1号，去除LB后与PT载体无缝相接。中间那小段序列无法定位以及与两种载体匹配。 中间序列54bp 1 ACGATGGACT CCAGAGCGGT CGCTGTTTTG GTTACGATGG ACTCCAGAGC GGCC 7-1号中间序列 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCCGGATA GGAAACGAAC GAGAGAAGCC GTATCGGACT 61 GTGCCCAAAT CACTATTTCC ACACCCCTAC GATGGACTCC AGAGCGGCCG CAACGCC 认为这是填充序列： CCAAAT CACTATTTCC ACACCCCTAC GATGGACTCC AGAGCGGCCG CAACGCC 34-64位碱基定位到玉米六号染色体。 如下结果： Target summary table Target ID definition e-value percent identity # chr6 chr6 5.005e-7 100.00 1 Download target sequences as fasta expand image Whole genome view expand image Visual alignment for chr6 expand image Alignment details for chr6 Alignment details for hit #1 for chr6 See this region at the MaizeGDB Genome Browser See this region at MaizeSequence.org See this region at PlantGDB.org Score = 31 bits (58.3664334561918), Expect = 5.00514305554672e-07 Identities = 31/31 (1.0000%), Gaps = 0 (0.0000%) Strand = Plus / Minus Query 34 AACGAACGAGAGAAGCCGTATCGGACTGTGC 64 ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 96328336 AACGAACGAGAGAAGCCGTATCGGACTGTGC 96328306 前面1到33个碱基不知道是哪里来的， 后面65开始的几十个碱基，姑且认为是填充序列吧。 7号8号填充序列比对结果（为同一次转化得到的不同转化事件）  6-5号去除了边界序列后，所剩序列全部与PTF101.1匹配。此序列826bp。 有这么长的载体骨架整合吗？ 5-1先去除了测序载体序列，而不是先去除PT序列（比对后此序列为PT序列）。 1 TCAGATTGTC GTTTCCCGCC TTCAGTTTAA ACTATCAGTG TT 此序列42bp，载体骨架。 分析，说明此序列还未把载体骨架扩增完毕，因为还为出现填充序列。对吗？ 4-7去除了PT载体和测序载体序列后的中间序列。 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTATTTT 此序列30bp。 4号和6号为同一株同一边界，但它们边界以外的PT载体序列长度截然不同（200bp、800bp），不知道问题出在了哪里。 中间序列无法与两种载体匹配且无定位，猜可能是填充序列 3-8去除了PT载体和测序载体序列后的中间序列。 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTTTTGT 此序列30bp。中间序列无法与两载体匹配且无法定位，猜测可能是填充序列 2-5先去除了测序载体序列，而不是先去除PT载体序列 2-5去除了PT载体和测序载体序列后的中间序列。 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTTTATT GGT 此序列33Bp。 中间序列无法与两载体匹配且无法定位，猜测可能为填充序列 1-7去除了PT载体和测序载体序列后的中间序列。 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCAAGTTT 此序列30bp。 因为1~4号为同一个转化事件，所以将其的中间序列进行比较。  这图，能说明填充序列什么的吗？ 这是我对扩增得到的序列分析的步骤。 我对一段序列进行分析，首先找出SP3和边界序列。其次再用剔除了边界序列的序列与TDNA 所用的载体比对。若有匹配再去除其载体序列。最后用剩下的序列与测序载体比对。这之后，就只剩下了中间的那一部分序列，用这段序列去Blast。请问这样分析对吗？ 另外，假如我分析的步骤是对的。 我就遇到了这些问题： 1.剔除了测序载体序列与TDNA 所用载体序列之后，剩下中间那段序列。我对这段序列Blast ，结果在这约120bp 的序列中。1-30个碱基与61-120这两处碱基无法定位及与两种载体匹配。只有31-60这些碱基定位到了玉米染色体上面。不过其只有e -7的值。 我认为61-120为填充序列。但1-30又是什么呢？ 2.我在去除了边界序列后，直接对其Blast 。结果有约400-500bp 定位，且e-85。不过，我直接把这序列与测序载体（19-T）比对，结果100%符合。这下我就迷糊了……… 3.有时某些序列，不能与SP 3以及边界序列完全匹配（当然，也有只匹配边界或SP3的情况）。不过，这样的情况，我分析后，有时也得到了中间序列（如上，去除了两种载体序列）。 1:3-5-1； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD1－LT0，2.2，3；13号 2:3-5-2； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；13号 3:3-5-3； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；13号 4:3-5-4； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；16号 5:3-9-1； phya1－A115-2-1-2; RB; LAD2－RT0，3.2，4；13号 6:3-18-1； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD1－LT0，1.2，2；16号 7:3-19-1； phya2-11号株系; LB; LAD1－LT0，1.2，2；29号 8:3-19-2； phya2-32号株系; LB; LAD1－LT0，1.2，2；31号 (信息！分别为日期代号；基因与株系编号；边界；LAD与特异引物；不同的单株编号) 均PTF101.1载体 |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有171人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
Pipig
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 89.6
- 散金: 535
- 帖子: 82
- 在线: 27.3小时
- 虫号: 3181671
- 注册: 2014-05-05
- 性别: GG
- 专业: 生物物理、生物化学与分子
2楼2015-09-17 12:32:39
Pipig
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 89.6
- 散金: 535
- 帖子: 82
- 在线: 27.3小时
- 虫号: 3181671
- 注册: 2014-05-05
- 性别: GG
- 专业: 生物物理、生物化学与分子
3楼2015-09-21 00:10:24
4楼2015-09-21 00:54:01
Pipig
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 89.6
- 散金: 535
- 帖子: 82
- 在线: 27.3小时
- 虫号: 3181671
- 注册: 2014-05-05
- 性别: GG
- 专业: 生物物理、生物化学与分子
5楼2015-09-21 23:23:24
40