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Pipig

金虫 (小有名气)

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[求助] 【TAIL-PCR】分析结果详述

8-1号，去除LB后与PT载体无缝相接。中间那小段序列无法定位以及与两种载体匹配。
中间序列54bp

1       ACGATGGACT CCAGAGCGGT CGCTGTTTTG GTTACGATGG ACTCCAGAGC GGCC

7-1号中间序列

1       TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCCGGATA GGAAACGAAC GAGAGAAGCC GTATCGGACT
61    GTGCCCAAAT CACTATTTCC ACACCCCTAC GATGGACTCC AGAGCGGCCG CAACGCC

认为这是填充序列：
CCAAAT CACTATTTCC ACACCCCTAC GATGGACTCC AGAGCGGCCG CAACGCC

34-64位碱基定位到玉米六号染色体。
如下结果：

Target summary table
Target ID    definition       e-value    percent identity    #
chr6    chr6    5.005e-7 100.00    1
Download target sequences as fasta
expand image Whole genome view
expand image Visual alignment for chr6
expand image Alignment details for chr6
Alignment details for hit #1 for chr6
See this region at the MaizeGDB Genome Browser
See this region at MaizeSequence.org
See this region at PlantGDB.org
Score =  31 bits (58.3664334561918),  Expect = 5.00514305554672e-07
Identities = 31/31 (1.0000%), Gaps = 0 (0.0000%)
Strand = Plus / Minus


Query  34       AACGAACGAGAGAAGCCGTATCGGACTGTGC  64
               |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  96328336  AACGAACGAGAGAAGCCGTATCGGACTGTGC  96328306

前面1到33个碱基不知道是哪里来的，
后面65开始的几十个碱基，姑且认为是填充序列吧。

7号8号填充序列比对结果（为同一次转化得到的不同转化事件）

6-5号去除了边界序列后，所剩序列全部与PTF101.1匹配。此序列826bp。
有这么长的载体骨架整合吗？

5-1先去除了测序载体序列，而不是先去除PT序列（比对后此序列为PT序列）。

1       TCAGATTGTC GTTTCCCGCC TTCAGTTTAA ACTATCAGTG TT

此序列42bp，载体骨架。
分析，说明此序列还未把载体骨架扩增完毕，因为还为出现填充序列。对吗？

4-7去除了PT载体和测序载体序列后的中间序列。

1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTATTTT
此序列30bp。
4号和6号为同一株同一边界，但它们边界以外的PT载体序列长度截然不同（200bp、800bp），不知道问题出在了哪里。
中间序列无法与两种载体匹配且无定位，猜可能是填充序列

3-8去除了PT载体和测序载体序列后的中间序列。

1       TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTTTTGT

此序列30bp。中间序列无法与两载体匹配且无法定位，猜测可能是填充序列

2-5先去除了测序载体序列，而不是先去除PT载体序列
2-5去除了PT载体和测序载体序列后的中间序列。

1       TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTTTATT GGT

此序列33Bp。

中间序列无法与两载体匹配且无法定位，猜测可能为填充序列

1-7去除了PT载体和测序载体序列后的中间序列。

1       TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCAAGTTT

此序列30bp。

因为1~4号为同一个转化事件，所以将其的中间序列进行比较。

这图，能说明填充序列什么的吗？

这是我对扩增得到的序列分析的步骤。
我对一段序列进行分析，首先找出SP3和边界序列。其次再用剔除了边界序列的序列与TDNA 所用的载体比对。若有匹配再去除其载体序列。最后用剩下的序列与测序载体比对。这之后，就只剩下了中间的那一部分序列，用这段序列去Blast。请问这样分析对吗？

另外，假如我分析的步骤是对的。
我就遇到了这些问题：
1.剔除了测序载体序列与TDNA 所用载体序列之后，剩下中间那段序列。我对这段序列Blast ，结果在这约120bp 的序列中。1-30个碱基与61-120这两处碱基无法定位及与两种载体匹配。只有31-60这些碱基定位到了玉米染色体上面。不过其只有e -7的值。
我认为61-120为填充序列。但1-30又是什么呢？
2.我在去除了边界序列后，直接对其Blast 。结果有约400-500bp 定位，且e-85。不过，我直接把这序列与测序载体（19-T）比对，结果100%符合。这下我就迷糊了………
3.有时某些序列，不能与SP 3以及边界序列完全匹配（当然，也有只匹配边界或SP3的情况）。不过，这样的情况，我分析后，有时也得到了中间序列（如上，去除了两种载体序列）。
1:3-5-1；  phya1－A115-2-1-2; LB; LAD1－LT0，2.2，3；13号
2:3-5-2；  phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；13号
3:3-5-3；  phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；13号
4:3-5-4；  phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；16号
5:3-9-1；  phya1－A115-2-1-2; RB; LAD2－RT0，3.2，4；13号
6:3-18-1； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD1－LT0，1.2，2；16号
7:3-19-1；  phya2-11号株系; LB; LAD1－LT0，1.2，2；29号
8:3-19-2；  phya2-32号株系; LB; LAD1－LT0，1.2，2；31号

(信息！分别为日期代号；基因与株系编号；边界；LAD与特异引物；不同的单株编号)

均PTF101.1载体

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