24小时热门版块排行榜    

查看: 1508  |  回复: 4

asaki

铜虫 (小有名气)

[求助] 测序结果分析中出现的问题

大家好,

最近遇到一个项目,我们用的是多重PCR建库,然后上机测序的。

因为是使用NGS来检测目标的SNP位点,所以最后使用GATK 的GGA模型来获取需要的基因型。
但是我发现在一些情况下 突变碱基只有6%的时候GATK认为是野生纯合型,但是7%的时候就是杂合型了。

我的问题是:

1. 为什么使用PCR扩增的时候,如果待检测位点是杂合子,那么理论上野生等位和杂合等位不应该是1:1的比例吗?最后为啥测得有10%-70%都有?
2. 遇到极端的情况,类似我前面提到的 6%和7%的区别咋办?

谢谢大家!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欧易

新虫 (小有名气)

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-09-13 07:36:52
看你是做几倍体生物,有的GC含量太高的影响比较大,是测不准

发自小木虫Android客户端
2楼2017-09-08 23:57:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asaki

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 欧易 at 2017-09-08 23:57:34
看你是做几倍体生物,有的GC含量太高的影响比较大,是测不准

人的,GC普通区域也会出现这种情况
3楼2017-09-09 20:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欧易

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by asaki at 2017-09-09 20:56:27
人的,GC普通区域也会出现这种情况...

那就是测序的问题了

发自小木虫Android客户端
4楼2017-09-09 21:25:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asaki

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 欧易 at 2017-09-09 21:25:39
那就是测序的问题了
...

XTen,应该不会那么糟糕吧,Q30毕竟超过92%了
5楼2017-09-12 21:00:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 asaki 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 中科院海洋所招收海洋材料相关领域博士研究生及研究助理 +3 sujiner 2026-10-08 4/200 2026-10-14 20:40 by qicaiyun
[职场人生] 40+中年人失业后,还能找到好工作吗? +3 xqy2009 2026-10-13 3/150 2026-10-14 20:17 by 43358052
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些? +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
请填处理意见