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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS 吸附模型 如何消除层与层之间的空隙 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] MS 吸附模型 如何消除层与层之间的空隙 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 已有1人参与

在MS里构建吸附模型时用到 build layer ， 但是build layer之后的模型 层与层之间总是存在一定距离的空隙。如图所示。

层与层之间的空隙有没有办法消除？

因为最下层是固体，计算的时候需要固定，那么就没有办法用NPT来调整模型的体积大小。如果不消除空隙，上面溶液的密度就变小了。后面再用NVT计算的话，模型就有问题了。

那么如何消除空隙？或者有更好的办法吗？请高手指点

MS 吸附模型  如何消除层与层之间的空隙    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
adsorption.jpg
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1楼 2017-03-27 09:21:55
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MS_Z

金虫 (初入文坛)
如果密度知道的话 能否使用packmol直接建立模型呢？这样应该就不会有空隙了吧

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2楼2017-03-27 19:24:55
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匿名

用户注销 (小有名气)
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3楼2017-03-28 15:08:10
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飞天ssp

新虫 (职业作家)
往下移动

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hh
4楼2017-03-28 16:33:14
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by healthappy at 2017-03-28 15:08:10
上面的往下移就行了

往下移，最后上面让它空一大块吗？
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5楼2017-03-29 15:02:27
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飞天ssp at 2017-03-28 16:33:14
往下移动

往下移，最后上面让它空一大块吗？
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6楼2017-03-29 15:02:34
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飞天ssp

新虫 (职业作家)
不是，可以改变c的值

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hh
7楼2017-03-29 15:14:03
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轻化染整

新虫 (初入文坛)
晶体从表面改为3d的时候 改变真空度为0可以么

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8楼2017-03-29 16:51:08
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轻化染整

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by MS_Z at 2017-03-27 19:24:55
如果密度知道的话 能否使用packmol直接建立模型呢？这样应该就不会有空隙了吧

packmol是别的程序么？MS能不能做啊？比如固定分子在液体表面的头尾方向

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9楼2017-03-29 16:52:55
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MS_Z

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 轻化染整 at 2017-03-29 16:52:55
packmol是别的程序么？MS能不能做啊？比如固定分子在液体表面的头尾方向
...

是别的程序
那你就把lattice建的小一点 这样应该也能固定吧

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10楼2017-03-29 20:04:16
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