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showtime0703

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子模拟和VASP计算分子吸附在催化剂模型的吸附能

最近在计算喹啉分子在MoS2催化剂模型上的吸附能:
喹啉分子和MoS2模型是用MS建立的。
(1) 一般是计算物理吸附还是化学吸附?那物理吸附的话是不是不应该有键的断裂或连接。距离在0.2276nm以内的吸附如图1有键的断裂和连接(能量在-5ev左右),距离大于0.3nm的如图2没有见的断裂和连接(能量在-1ev左右),这两者中,哪一种吸附算存在呢?
(2)  把喹啉分子吸附在催化剂模型上,模型的下面两层是固定的,上面两层和喹啉分子式可以动的。那用VASP计算的过程中进行优化时,确定一个吸附位,优化后位置稍有改变,但改变不大,但喹啉分子与催化剂表面的距离是变化的,比初始离表面的距离要近。那优化的过程中,是只改变Z轴的距离吗,还是X Y Z都改变?那要是全局都改变的话,那设置一个吸附位,是不是就可以找到最低的优化位置呢?
(3)看一些文献,是计算被吸附分子与催化剂表面的不同距离下得吸附能,那是怎么样操作的呢?还有有的文献的吸附距离在1.536nm-5.597nm之间,有的文献是0.3nm-0.7nm 之间 (我的吸附能最大是在0.211nm左右,计算的能量值为-5.438573ev,如图1),这个不同距离的吸附能是怎么操作的呢?
在这里谢谢大家!

MS分子模拟和VASP计算分子吸附在催化剂模型的吸附能
图1.jpg
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葳小白

新虫 (初入文坛)

楼主,你好!我也在做二硫化钼的表面吸附,但是我才刚刚起步,我做的是单层的二硫化钼,但在晶格常数优化就出现了问题,晶格常数出现了能量反常增大,可能是什么原因呢?另外,有以下几个问题想问一下你
1、ISMEAR=0,ISPIN=1,IBRION=2,ISIF=4合适吗?
2、弛豫的时候所有原子所有方向都弛豫比较好,还是限制性弛豫比较好?
2楼2014-11-26 16:28:08
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zh11111

银虫 (正式写手)

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请教楼主个问题:在最初你确定分子在表面最佳吸附位置的时候,是否是把喹啉分子的C,N,H原子分别放在Mo,S的顶,间,桥位,将所有情况都弛豫后得到能量最低的吸附位置吗?
---
3楼2015-07-04 20:32:24
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