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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] MS 吸附模型 如何消除层与层之间的空隙 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 已有1人参与

在MS里构建吸附模型时用到 build layer , 但是build layer之后的模型 层与层之间总是存在一定距离的空隙。如图所示。

层与层之间的空隙有没有办法消除?

因为最下层是固体,计算的时候需要固定,那么就没有办法用NPT来调整模型的体积大小。如果不消除空隙,上面溶液的密度就变小了。后面再用NVT计算的话,模型就有问题了。

那么如何消除空隙?或者有更好的办法吗?请高手指点

MS 吸附模型  如何消除层与层之间的空隙    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
adsorption.jpg
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MS_Z

金虫 (初入文坛)

如果密度知道的话 能否使用packmol直接建立模型呢?这样应该就不会有空隙了吧

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-03-27 19:24:55
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匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
3楼2017-03-28 15:08:10
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飞天ssp

新虫 (职业作家)

hh
4楼2017-03-28 16:33:14
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by healthappy at 2017-03-28 15:08:10
上面的往下移就行了

往下移,最后上面让它空一大块吗?
5楼2017-03-29 15:02:27
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 飞天ssp at 2017-03-28 16:33:14
往下移动

往下移,最后上面让它空一大块吗?
6楼2017-03-29 15:02:34
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飞天ssp

新虫 (职业作家)

hh
7楼2017-03-29 15:14:03
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轻化染整

新虫 (初入文坛)

晶体从表面改为3d的时候 改变真空度为0可以么

发自小木虫Android客户端
8楼2017-03-29 16:51:08
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轻化染整

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by MS_Z at 2017-03-27 19:24:55
如果密度知道的话 能否使用packmol直接建立模型呢?这样应该就不会有空隙了吧

packmol是别的程序么?MS能不能做啊?比如固定分子在液体表面的头尾方向

发自小木虫Android客户端
9楼2017-03-29 16:52:55
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MS_Z

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 轻化染整 at 2017-03-29 16:52:55
packmol是别的程序么?MS能不能做啊?比如固定分子在液体表面的头尾方向
...

是别的程序
那你就把lattice建的小一点 这样应该也能固定吧

发自小木虫IOS客户端
10楼2017-03-29 20:04:16
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