24小时热门版块排行榜    

查看: 4394  |  回复: 18

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] MS 吸附模型 如何消除层与层之间的空隙 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 已有1人参与

在MS里构建吸附模型时用到 build layer , 但是build layer之后的模型 层与层之间总是存在一定距离的空隙。如图所示。

层与层之间的空隙有没有办法消除?

因为最下层是固体,计算的时候需要固定,那么就没有办法用NPT来调整模型的体积大小。如果不消除空隙,上面溶液的密度就变小了。后面再用NVT计算的话,模型就有问题了。

那么如何消除空隙?或者有更好的办法吗?请高手指点

MS 吸附模型  如何消除层与层之间的空隙    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
adsorption.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MS_Z

金虫 (初入文坛)

如果密度知道的话 能否使用packmol直接建立模型呢?这样应该就不会有空隙了吧

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-03-27 19:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
3楼2017-03-28 15:08:10
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

飞天ssp

新虫 (职业作家)

hh
4楼2017-03-28 16:33:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by healthappy at 2017-03-28 15:08:10
上面的往下移就行了

往下移,最后上面让它空一大块吗?
5楼2017-03-29 15:02:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 飞天ssp at 2017-03-28 16:33:14
往下移动

往下移,最后上面让它空一大块吗?
6楼2017-03-29 15:02:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞天ssp

新虫 (职业作家)

hh
7楼2017-03-29 15:14:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

轻化染整

新虫 (初入文坛)

晶体从表面改为3d的时候 改变真空度为0可以么

发自小木虫Android客户端
8楼2017-03-29 16:51:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

轻化染整

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by MS_Z at 2017-03-27 19:24:55
如果密度知道的话 能否使用packmol直接建立模型呢?这样应该就不会有空隙了吧

packmol是别的程序么?MS能不能做啊?比如固定分子在液体表面的头尾方向

发自小木虫Android客户端
9楼2017-03-29 16:52:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MS_Z

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 轻化染整 at 2017-03-29 16:52:55
packmol是别的程序么?MS能不能做啊?比如固定分子在液体表面的头尾方向
...

是别的程序
那你就把lattice建的小一点 这样应该也能固定吧

发自小木虫IOS客户端
10楼2017-03-29 20:04:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Andsharia 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[考研] 0703化学调剂 ,六级已过,有科研经历 +14 曦熙兮 2026-03-15 14/700 2026-03-21 19:12 by ColorlessPI
[考研] 工科0856求调剂 +3 沐析汀汀 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:30 by 学员8dgXkO
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 材料学学硕080502 337求调剂-一志愿华中科技大学 +4 顺顺顺mr 2026-03-18 5/250 2026-03-21 10:22 by luoyongfeng
[考研] 二本跨考郑大材料306英一数二 +3 z1z2z3879 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:29 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:46 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿:南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕,总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料工程348求调剂 +3  ̄^ ̄゜汗 2026-03-19 4/200 2026-03-20 21:01 by zhukairuo
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 广西大学家禽遗传育种课题组2026年硕士招生(接收计算机专业调剂) +3 123阿标 2026-03-17 3/150 2026-03-20 15:58 by 飞行琦
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿南京大学,080500材料科学与工程,调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
信息提示
请填处理意见