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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙
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figo2015

木虫 (正式写手)

[求助] Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙 已有1人参与

1.用materials studio 建立晶体结构时，根据教程建立的晶体总感觉不像，如附件图3所示，应该是有个苯环的而我建模出来却没有，知道肯定错了，但是不知道错在什么地方，求大神指点。
2.晶格参数是文献查的，如附件图1和图2，有些疑惑是为什么不是所有的原子的位置参数都给出来，比如分子Ⅰ中有6个碳原子，为什么只给出4个碳原子的位置信息？为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的。

Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙
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Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-1
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Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-2
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1楼 2016-12-08 20:43:25
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2017-03-20 09:29:23
figo2015(abinitio代发): 金币+10, 高水平应助 2017-03-20 13:50:27
figo2015(abinitio代发): 金币+15, 感谢应助 2017-03-20 13:53:31
abinitio: 金币+10, 高水平应助奖励 2017-03-20 13:53:47
引用回帖:
21楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-12 09:53:30
Pb原子的化学键还是没有连上，求大神说详细点
...

完整的说一下
1、你的文献里space group分了Ⅰ和Ⅱ，文献里Pb的原子坐标table抬头Ⅱ，
但是你的cif里Pb用的是Ⅰ号space group的参数，你查一下文献是不是这样对应的

2、从你的cif来看，Pb原子画错，2个原子的坐标画错
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-3

以上可以直接记事本打开cif文件修改，并且建议将C12原子坐标之后的所有内容全部删除，因为后面那些是错误的成键信息
做好后重新导入MS，得到没有任何成键的结构
————
我试了下，
苯环上的一个H就是tableⅠ里H(1)的坐标，可以直接用
水分子的H就是tableⅠ里H(2)的坐标，可以直接用
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-4
请使用上图按钮一个个连接 苯环6个C、苯环2个酚氧、苯环3个硝基、苯环H
1、用modify——modify bond type ——partial double bond修改苯环6个键为大π键
2、https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Lead_styphnate
这个图硝基是双键+单键
双键+单键请makeP1后modify
如果N、O画成小π键可以按1的方法直接修改，不用makeP1
3、Pb应该有多少配位氧我不太清楚，图上数不出来，也可能有重叠，从你的文献图看Pb似乎还与水分子O配位
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-5

——————————
下图是我自己画的效果，附上我的msi文件，可直接导入
仅供参考，如有错误请查阅其他文献后修改
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-6
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    • 2016-12-12 10:58:46, 2.67 K

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figo2015
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22楼2016-12-12 10:58:53
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题：为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的？
回答：这是因为H原子很轻，不容易捕捉到，所以很多含有氢原子的晶体，其H原子的坐标都是缺失的。
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2楼2016-12-08 20:58:23
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普通回帖

figo2015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-12-08 20:58:23
问题：为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的？
回答：这是因为H原子很轻，不容易捕捉到，所以很多含有氢原子的晶体，其H原子的坐标都是缺失的。

那氢原子怎么建立在晶体上呢

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-12-08 21:06:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-08 21:06:59
那氢原子怎么建立在晶体上呢
...

找文献的话，查找其他有H原子坐标的文献；
实验的话，慢一点但是稳妥，自己培养单晶做中子衍射来解晶体结构；
直接利用软件的，手动将H原子添加到大概的位置上，作几何优化，确定H原子坐标；
也可以不需要花费大量时间培养单晶，做更快捷的粉体衍射，手动将H原子添加到大概的位置上，作几何优化，利用MS的Refelx模块，对照粉体衍射数据，精修晶体，可得到更准确的数据。
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4楼2016-12-08 21:49:27
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★ ★ ★ ★
figo2015(月只蓝代发): 金币+5, 感谢应助 2016-12-09 11:30:10
1、晶体建模，一般只给出原子的位置信息，不给出成键信息。现在图上的化学键是软件根据一定规则自动生成的，不一定合理，需要自己修改

2、cif中的C原子数和分子式中的C原子数不一样很正常。根据晶胞对称规则，只要cif信息中的原子数能完整表示晶体结构，就算只有1个原子也可以。

3、水的H原子、甲基的H原子等等不给出坐标还是很常见的，其他原子和化学键画好后，makeP1，选择要补充H原子的地方自动加H，然后几何优化就行
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figo2015
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5楼2016-12-09 10:07:21
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waterloortoy

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-08 21:06:59
那氢原子怎么建立在晶体上呢
...

MS有一个自动加氢的工具按钮，在clear工具按钮旁边，一般是把除氢以外其他原子及键型弄好，氢全部用这个按钮自动加上去。
苯环的两种模式要通过设置来转换。
MS我也是刚学了1个多月，没有手性的晶体建模还是比较简单，多看指导多操作就可以了。

发自小木虫Android客户端
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6楼2016-12-09 10:30:37
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figo2015

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2016-12-09 10:07:21
1、晶体建模，一般只给出原子的位置信息，不给出成键信息。现在图上的化学键是软件根据一定规则自动生成的，不一定合理，需要自己修改

2、cif中的C原子数和分子式中的C原子数不一样很正常。根据晶胞对称规则，只 ...

谢谢大神的回答，根据你说的，我理解的是我要先根据文献中的位置信息把原子加进去，然后自动加H，最后再把晶体结构优化就能得到所需要的晶体结构了。
1.那么怎么进行几何优化呢？
2.还有就是，我画的铅原子为什么是游离的，它应该是跟氧原子有键连接的？
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7楼2016-12-09 11:07:06
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figo2015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by waterloortoy at 2016-12-09 10:30:37
MS有一个自动加氢的工具按钮，在clear工具按钮旁边，一般是把除氢以外其他原子及键型弄好，氢全部用这个按钮自动加上去。
苯环的两种模式要通过设置来转换。
MS我也是刚学了1个多月，没有手性的晶体建模还是比较简 ...

你是研究晶体的什么呢？我是刚开始学，晶体的结构还没有建好，以后还请多多指教
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8楼2016-12-09 11:12:25
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figo2015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-12-08 21:49:27
找文献的话，查找其他有H原子坐标的文献；
实验的话，慢一点但是稳妥，自己培养单晶做中子衍射来解晶体结构；
直接利用软件的，手动将H原子添加到大概的位置上，作几何优化，确定H原子坐标；
也可以不需要花费大 ...

我画的那个理论上铅原子应该和两个氧原子连接成键的，但是为什么画出来是游离的？我是刚学的新手，想先把晶体结构画出来，文献中已有画出来的如图，同样的数据我画出来差距很大，不知道如何入手，想请教下怎么样才能把我想要的结构给画出来呢？
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-7
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9楼2016-12-09 11:22:22
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
7楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-09 11:07:06
谢谢大神的回答，根据你说的，我理解的是我要先根据文献中的位置信息把原子加进去，然后自动加H，最后再把晶体结构优化就能得到所需要的晶体结构了。
1.那么怎么进行几何优化呢？
2.还有就是，我画的铅原子为什么 ...

1、forcite，dmol，gaussian都能几何优化，可以查查参考文献看看用什么力场或者参数比较好
2、现在看到的成键和不成键都是软件的判断，自己觉得不合理可以添加化学键
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10楼2016-12-09 13:20:35
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