| 查看: 3741 | 回复: 22 | ||||
[求助]
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙 已有1人参与
|
||||
|
1.用materials studio 建立晶体结构时，根据教程建立的晶体总感觉不像，如附件图3所示，应该是有个苯环的而我建模出来却没有，知道肯定错了，但是不知道错在什么地方，求大神指点。 2.晶格参数是文献查的，如附件图1和图2，有些疑惑是为什么不是所有的原子的位置参数都给出来，比如分子Ⅰ中有6个碳原子，为什么只给出4个碳原子的位置信息？为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的。  1.png  2.png  3.png@smutao |
回复此楼» 猜你喜欢
推荐一本书
已经有12人回复
-
基金申报
已经有4人回复
-
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂
已经有4人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有9人回复
-
溴的反应液脱色
已经有6人回复
-
纳米粒子粒径的测量
已经有7人回复
-
常年博士招收(双一流，工科)
已经有4人回复
-
参与限项
已经有5人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2017-03-20 09:29:23
figo2015(abinitio代发): 金币+10, 高水平应助 2017-03-20 13:50:27
figo2015(abinitio代发): 金币+15, 感谢应助 2017-03-20 13:53:31
abinitio: 金币+10, 高水平应助奖励 2017-03-20 13:53:47
月只蓝: 应助指数+1 2017-03-20 09:29:23
figo2015(abinitio代发): 金币+10, 高水平应助 2017-03-20 13:50:27
figo2015(abinitio代发): 金币+15, 感谢应助 2017-03-20 13:53:31
abinitio: 金币+10, 高水平应助奖励 2017-03-20 13:53:47
|
完整的说一下 1、你的文献里space group分了Ⅰ和Ⅱ，文献里Pb的原子坐标table抬头Ⅱ， 但是你的cif里Pb用的是Ⅰ号space group的参数，你查一下文献是不是这样对应的 2、从你的cif来看，Pb原子画错，2个原子的坐标画错  以上可以直接记事本打开cif文件修改，并且建议将C12原子坐标之后的所有内容全部删除，因为后面那些是错误的成键信息 做好后重新导入MS，得到没有任何成键的结构 ———— 我试了下， 苯环上的一个H就是tableⅠ里H(1)的坐标，可以直接用 水分子的H就是tableⅠ里H(2)的坐标，可以直接用  请使用上图按钮一个个连接 苯环6个C、苯环2个酚氧、苯环3个硝基、苯环H 1、用modify——modify bond type ——partial double bond修改苯环6个键为大π键 2、https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Lead_styphnate 这个图硝基是双键+单键 双键+单键请makeP1后modify 如果N、O画成小π键可以按1的方法直接修改，不用makeP1 3、Pb应该有多少配位氧我不太清楚，图上数不出来，也可能有重叠，从你的文献图看Pb似乎还与水分子O配位  —————————— 下图是我自己画的效果，附上我的msi文件，可直接导入 仅供参考，如有错误请查阅其他文献后修改  |
figo2015
22楼2016-12-12 10:58:53
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68123.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
2楼2016-12-08 20:58:23
3楼2016-12-08 21:06:59
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68123.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
4楼2016-12-08 21:49:27
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★
figo2015(月只蓝代发): 金币+5, 感谢应助 2016-12-09 11:30:10
figo2015(月只蓝代发): 金币+5, 感谢应助 2016-12-09 11:30:10
|
1、晶体建模，一般只给出原子的位置信息，不给出成键信息。现在图上的化学键是软件根据一定规则自动生成的，不一定合理，需要自己修改 2、cif中的C原子数和分子式中的C原子数不一样很正常。根据晶胞对称规则，只要cif信息中的原子数能完整表示晶体结构，就算只有1个原子也可以。 3、水的H原子、甲基的H原子等等不给出坐标还是很常见的，其他原子和化学键画好后，makeP1，选择要补充H原子的地方自动加H，然后几何优化就行 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
5楼2016-12-09 10:07:21
waterloortoy
银虫 (正式写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 95.7
- 红花: 6
- 沙发: 2
- 帖子: 601
- 在线: 176.1小时
- 虫号: 4564056
- 注册: 2016-04-02
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
|
MS有一个自动加氢的工具按钮，在clear工具按钮旁边，一般是把除氢以外其他原子及键型弄好，氢全部用这个按钮自动加上去。 苯环的两种模式要通过设置来转换。 MS我也是刚学了1个多月，没有手性的晶体建模还是比较简单，多看指导多操作就可以了。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2016-12-09 10:30:37
7楼2016-12-09 11:07:06
8楼2016-12-09 11:12:25
9楼2016-12-09 11:22:22
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
10楼2016-12-09 13:20:35