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Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙 已有1人参与
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1.用materials studio 建立晶体结构时，根据教程建立的晶体总感觉不像，如附件图3所示，应该是有个苯环的而我建模出来却没有，知道肯定错了，但是不知道错在什么地方，求大神指点。 2.晶格参数是文献查的，如附件图1和图2，有些疑惑是为什么不是所有的原子的位置参数都给出来，比如分子Ⅰ中有6个碳原子，为什么只给出4个碳原子的位置信息？为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的。  1.png  2.png  3.png@smutao |
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【答案】应助回帖
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月只蓝: 应助指数+1 2017-03-20 09:29:23
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figo2015(abinitio代发): 金币+15, 感谢应助 2017-03-20 13:53:31
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完整的说一下 1、你的文献里space group分了Ⅰ和Ⅱ，文献里Pb的原子坐标table抬头Ⅱ， 但是你的cif里Pb用的是Ⅰ号space group的参数，你查一下文献是不是这样对应的 2、从你的cif来看，Pb原子画错，2个原子的坐标画错  以上可以直接记事本打开cif文件修改，并且建议将C12原子坐标之后的所有内容全部删除，因为后面那些是错误的成键信息 做好后重新导入MS，得到没有任何成键的结构 ———— 我试了下， 苯环上的一个H就是tableⅠ里H(1)的坐标，可以直接用 水分子的H就是tableⅠ里H(2)的坐标，可以直接用  请使用上图按钮一个个连接 苯环6个C、苯环2个酚氧、苯环3个硝基、苯环H 1、用modify——modify bond type ——partial double bond修改苯环6个键为大π键 2、https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Lead_styphnate 这个图硝基是双键+单键 双键+单键请makeP1后modify 如果N、O画成小π键可以按1的方法直接修改，不用makeP1 3、Pb应该有多少配位氧我不太清楚，图上数不出来，也可能有重叠，从你的文献图看Pb似乎还与水分子O配位  —————————— 下图是我自己画的效果，附上我的msi文件，可直接导入 仅供参考，如有错误请查阅其他文献后修改  |
figo2015
22楼2016-12-12 10:58:53
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figo2015(月只蓝代发): 金币+5, 感谢应助 2016-12-09 11:30:10
figo2015(月只蓝代发): 金币+5, 感谢应助 2016-12-09 11:30:10
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1、晶体建模，一般只给出原子的位置信息，不给出成键信息。现在图上的化学键是软件根据一定规则自动生成的，不一定合理，需要自己修改 2、cif中的C原子数和分子式中的C原子数不一样很正常。根据晶胞对称规则，只要cif信息中的原子数能完整表示晶体结构，就算只有1个原子也可以。 3、水的H原子、甲基的H原子等等不给出坐标还是很常见的，其他原子和化学键画好后，makeP1，选择要补充H原子的地方自动加H，然后几何优化就行 |
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5楼2016-12-09 10:07:21
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MS有一个自动加氢的工具按钮，在clear工具按钮旁边，一般是把除氢以外其他原子及键型弄好，氢全部用这个按钮自动加上去。 苯环的两种模式要通过设置来转换。 MS我也是刚学了1个多月，没有手性的晶体建模还是比较简单，多看指导多操作就可以了。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2016-12-09 10:30:37
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