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figo2015

木虫 (正式写手)

[求助] Materials studio 问题求助,新手求大神帮忙 已有1人参与

1.用materials studio 建立晶体结构时,根据教程建立的晶体总感觉不像,如附件图3所示,应该是有个苯环的而我建模出来却没有,知道肯定错了,但是不知道错在什么地方,求大神指点。
2.晶格参数是文献查的,如附件图1和图2,有些疑惑是为什么不是所有的原子的位置参数都给出来,比如分子Ⅰ中有6个碳原子,为什么只给出4个碳原子的位置信息?为什么分子Ⅱ中有氢原子,而位置参数信息中没有氢原子的。

Materials studio 问题求助,新手求大神帮忙
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figo2015

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-12-08 21:49:27
找文献的话,查找其他有H原子坐标的文献;
实验的话,慢一点但是稳妥,自己培养单晶做中子衍射来解晶体结构;
直接利用软件的,手动将H原子添加到大概的位置上,作几何优化,确定H原子坐标;
也可以不需要花费大 ...

我画的那个理论上铅原子应该和两个氧原子连接成键的,但是为什么画出来是游离的?我是刚学的新手,想先把晶体结构画出来,文献中已有画出来的如图,同样的数据我画出来差距很大,不知道如何入手,想请教下怎么样才能把我想要的结构给画出来呢?
Materials studio 问题求助,新手求大神帮忙-3
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9楼2016-12-09 11:22:22
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
问题:为什么分子Ⅱ中有氢原子,而位置参数信息中没有氢原子的?
回答:这是因为H原子很轻,不容易捕捉到,所以很多含有氢原子的晶体,其H原子的坐标都是缺失的。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2016-12-08 20:58:23
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figo2015

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-12-08 20:58:23
问题:为什么分子Ⅱ中有氢原子,而位置参数信息中没有氢原子的?
回答:这是因为H原子很轻,不容易捕捉到,所以很多含有氢原子的晶体,其H原子的坐标都是缺失的。

那氢原子怎么建立在晶体上呢

发自小木虫Android客户端
3楼2016-12-08 21:06:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-08 21:06:59
那氢原子怎么建立在晶体上呢
...

找文献的话,查找其他有H原子坐标的文献;
实验的话,慢一点但是稳妥,自己培养单晶做中子衍射来解晶体结构;
直接利用软件的,手动将H原子添加到大概的位置上,作几何优化,确定H原子坐标;
也可以不需要花费大量时间培养单晶,做更快捷的粉体衍射,手动将H原子添加到大概的位置上,作几何优化,利用MS的Refelx模块,对照粉体衍射数据,精修晶体,可得到更准确的数据。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2016-12-08 21:49:27
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