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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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figo2015

木虫 (正式写手)

[求助] Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙 已有1人参与

1.用materials studio 建立晶体结构时，根据教程建立的晶体总感觉不像，如附件图3所示，应该是有个苯环的而我建模出来却没有，知道肯定错了，但是不知道错在什么地方，求大神指点。
2.晶格参数是文献查的，如附件图1和图2，有些疑惑是为什么不是所有的原子的位置参数都给出来，比如分子Ⅰ中有6个碳原子，为什么只给出4个碳原子的位置信息？为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的。

Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙
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Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-1
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Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-2
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1楼 2016-12-08 20:43:25
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★ ★ ★ ★
figo2015(月只蓝代发): 金币+5, 感谢应助 2016-12-09 11:30:10
1、晶体建模，一般只给出原子的位置信息，不给出成键信息。现在图上的化学键是软件根据一定规则自动生成的，不一定合理，需要自己修改

2、cif中的C原子数和分子式中的C原子数不一样很正常。根据晶胞对称规则，只要cif信息中的原子数能完整表示晶体结构，就算只有1个原子也可以。

3、水的H原子、甲基的H原子等等不给出坐标还是很常见的，其他原子和化学键画好后，makeP1，选择要补充H原子的地方自动加H，然后几何优化就行
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figo2015
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2016-12-09 10:07:21
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查看全部 23 个回答

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题：为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的？
回答：这是因为H原子很轻，不容易捕捉到，所以很多含有氢原子的晶体，其H原子的坐标都是缺失的。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2016-12-08 20:58:23
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figo2015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-12-08 20:58:23
问题：为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的？
回答：这是因为H原子很轻，不容易捕捉到，所以很多含有氢原子的晶体，其H原子的坐标都是缺失的。

那氢原子怎么建立在晶体上呢

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-12-08 21:06:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-08 21:06:59
那氢原子怎么建立在晶体上呢
...

找文献的话，查找其他有H原子坐标的文献；
实验的话，慢一点但是稳妥，自己培养单晶做中子衍射来解晶体结构；
直接利用软件的，手动将H原子添加到大概的位置上，作几何优化，确定H原子坐标；
也可以不需要花费大量时间培养单晶，做更快捷的粉体衍射，手动将H原子添加到大概的位置上，作几何优化，利用MS的Refelx模块，对照粉体衍射数据，精修晶体，可得到更准确的数据。
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4楼2016-12-08 21:49:27
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