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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙
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figo2015

木虫 (正式写手)

[求助] Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙 已有1人参与

1.用materials studio 建立晶体结构时，根据教程建立的晶体总感觉不像，如附件图3所示，应该是有个苯环的而我建模出来却没有，知道肯定错了，但是不知道错在什么地方，求大神指点。
2.晶格参数是文献查的，如附件图1和图2，有些疑惑是为什么不是所有的原子的位置参数都给出来，比如分子Ⅰ中有6个碳原子，为什么只给出4个碳原子的位置信息？为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的。

Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙
1.png


Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-1
2.png


Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-2
3.png@smutao
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1楼 2016-12-08 20:43:25
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figo2015

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2016-12-09 10:07:21
1、晶体建模，一般只给出原子的位置信息，不给出成键信息。现在图上的化学键是软件根据一定规则自动生成的，不一定合理，需要自己修改

2、cif中的C原子数和分子式中的C原子数不一样很正常。根据晶胞对称规则，只 ...

谢谢大神的回答，根据你说的，我理解的是我要先根据文献中的位置信息把原子加进去，然后自动加H，最后再把晶体结构优化就能得到所需要的晶体结构了。
1.那么怎么进行几何优化呢？
2.还有就是，我画的铅原子为什么是游离的，它应该是跟氧原子有键连接的？
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7楼2016-12-09 11:07:06
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题：为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的？
回答：这是因为H原子很轻，不容易捕捉到，所以很多含有氢原子的晶体，其H原子的坐标都是缺失的。
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2楼2016-12-08 20:58:23
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figo2015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-12-08 20:58:23
问题：为什么分子Ⅱ中有氢原子，而位置参数信息中没有氢原子的？
回答：这是因为H原子很轻，不容易捕捉到，所以很多含有氢原子的晶体，其H原子的坐标都是缺失的。

那氢原子怎么建立在晶体上呢

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-12-08 21:06:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-08 21:06:59
那氢原子怎么建立在晶体上呢
...

找文献的话，查找其他有H原子坐标的文献；
实验的话，慢一点但是稳妥，自己培养单晶做中子衍射来解晶体结构；
直接利用软件的，手动将H原子添加到大概的位置上，作几何优化，确定H原子坐标；
也可以不需要花费大量时间培养单晶，做更快捷的粉体衍射，手动将H原子添加到大概的位置上，作几何优化，利用MS的Refelx模块，对照粉体衍射数据，精修晶体，可得到更准确的数据。
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4楼2016-12-08 21:49:27
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