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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙
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waterloortoy

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-09 11:12:25
你是研究晶体的什么呢？我是刚开始学，晶体的结构还没有建好，以后还请多多指教...

第一性原理研究功能材料，也只是刚学MS
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11楼2016-12-09 14:13:12
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
9楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-09 11:22:22
我画的那个理论上铅原子应该和两个氧原子连接成键的，但是为什么画出来是游离的？我是刚学的新手，想先把晶体结构画出来，文献中已有画出来的如图，同样的数据我画出来差距很大，不知道如何入手，想请教下怎么样才 ...

根据第二个晶胞参数和第二组原子坐标画的
Pb的颜色调成绿色，方便和C原子区分
display style 里B调成2方便看出2层原子
拿鼠标换换角度
大概和你的文献图差不多，文献数据应该没问题，你再试试看是不是哪里画错了

Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙.


H原子需要makeP1后再加，我这里还没加
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
12楼2016-12-09 14:31:20
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figo2015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by pigrass at 2016-12-09 14:31:20
根据第二个晶胞参数和第二组原子坐标画的
Pb的颜色调成绿色，方便和C原子区分
display style 里B调成2方便看出2层原子
拿鼠标换换角度
大概和你的文献图差不多，文献数据应该没问题，你再试试看是不是哪里画错 ...

特别感谢！我画出来铅原子还是没有连接起来，你画的时候是添加原子后自动生成的化学键还是自己添加的？还有，加氢原子的具体步骤是什么呢？
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-1
5.png
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13楼2016-12-09 15:10:49
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
13楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-09 15:10:49
特别感谢！我画出来铅原子还是没有连接起来，你画的时候是添加原子后自动生成的化学键还是自己添加的？还有，加氢原子的具体步骤是什么呢？

5.png
...

我是MS6.0版本，按照那个图里面原子的顺序一个个添加，Pb和O基本自动连接了，只有一个O原子要手动和Pb连
你把你的结构导出为cif格式传上来，我看看有没有问题
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14楼2016-12-09 15:29:26
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
13楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-09 15:10:49
特别感谢！我画出来铅原子还是没有连接起来，你画的时候是添加原子后自动生成的化学键还是自己添加的？还有，加氢原子的具体步骤是什么呢？

5.png
...

另外你的苯环成键明显不对，苯环是选中6个化学键，modify——modify bond type——partial double bond
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15楼2016-12-09 15:31:29
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figo2015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by pigrass at 2016-12-09 15:29:26
我是MS6.0版本，按照那个图里面原子的顺序一个个添加，Pb和O基本自动连接了，只有一个O原子要手动和Pb连
你把你的结构导出为cif格式传上来，我看看有没有问题...

麻烦你帮我看一下，谢谢啦！
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    • 2016-12-09 15:38:40, 2.01 K
16楼2016-12-09 15:39:00
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
对比了一下

问题在于Pb原子你画成了Pd，所以和O的成键有问题

另外显示效果的话，因为你原子的分数坐标都对的，所以你鼠标调一下看的方向就能达到文献的效果了
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17楼2016-12-09 16:58:32
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figo2015

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
17楼: Originally posted by pigrass at 2016-12-09 16:58:32
对比了一下

问题在于Pb原子你画成了Pd，所以和O的成键有问题

另外显示效果的话，因为你原子的分数坐标都对的，所以你鼠标调一下看的方向就能达到文献的效果了

怎么画Pb原子呢？我是直接按照原子位置输入的。

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18楼2016-12-09 17:16:15
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
18楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-09 17:16:15
怎么画Pb原子呢？我是直接按照原子位置输入的。
...

把Pd原子删掉，重新添加Pb原子。Pd都能找到不会找不到Pb吧

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19楼2016-12-10 07:20:06
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figo2015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by pigrass at 2016-12-10 07:20:06
把Pd原子删掉，重新添加Pb原子。Pd都能找到不会找不到Pb吧
...

删除铅原子重新添加还是没有键，

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20楼2016-12-10 10:00:05
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