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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙
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figo2015

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
19楼: Originally posted by pigrass at 2016-12-10 07:20:06
把Pd原子删掉，重新添加Pb原子。Pd都能找到不会找不到Pb吧
...

Pb原子的化学键还是没有连上，求大神说详细点

发自小木虫Android客户端
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21楼2016-12-12 09:53:30
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2017-03-20 09:29:23
figo2015(abinitio代发): 金币+10, 高水平应助 2017-03-20 13:50:27
figo2015(abinitio代发): 金币+15, 感谢应助 2017-03-20 13:53:31
abinitio: 金币+10, 高水平应助奖励 2017-03-20 13:53:47
引用回帖:
21楼: Originally posted by figo2015 at 2016-12-12 09:53:30
Pb原子的化学键还是没有连上，求大神说详细点
...

完整的说一下
1、你的文献里space group分了Ⅰ和Ⅱ，文献里Pb的原子坐标table抬头Ⅱ，
但是你的cif里Pb用的是Ⅰ号space group的参数，你查一下文献是不是这样对应的

2、从你的cif来看，Pb原子画错，2个原子的坐标画错
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙

以上可以直接记事本打开cif文件修改，并且建议将C12原子坐标之后的所有内容全部删除，因为后面那些是错误的成键信息
做好后重新导入MS，得到没有任何成键的结构
————
我试了下，
苯环上的一个H就是tableⅠ里H(1)的坐标，可以直接用
水分子的H就是tableⅠ里H(2)的坐标，可以直接用
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-1
请使用上图按钮一个个连接 苯环6个C、苯环2个酚氧、苯环3个硝基、苯环H
1、用modify——modify bond type ——partial double bond修改苯环6个键为大π键
2、https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Lead_styphnate
这个图硝基是双键+单键
双键+单键请makeP1后modify
如果N、O画成小π键可以按1的方法直接修改，不用makeP1
3、Pb应该有多少配位氧我不太清楚，图上数不出来，也可能有重叠，从你的文献图看Pb似乎还与水分子O配位
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-2

——————————
下图是我自己画的效果，附上我的msi文件，可直接导入
仅供参考，如有错误请查阅其他文献后修改
Materials studio 问题求助，新手求大神帮忙-3
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    • 2016-12-12 10:58:46, 2.67 K

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

figo2015
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
22楼2016-12-12 10:58:53
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figo2015

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
22楼: Originally posted by pigrass at 2016-12-12 10:58:53
完整的说一下
1、你的文献里space group分了Ⅰ和Ⅱ，文献里Pb的原子坐标table抬头Ⅱ，
但是你的cif里Pb用的是Ⅰ号space group的参数，你查一下文献是不是这样对应的

2、从你的cif来看，Pb原子画错，2个原子的 ...

特别感谢！
回复此楼
23楼2016-12-12 19:58:31
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