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【求助】请问谁用过TarFisDock吗？指导指导啊！
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请问用过TarFisDock吗？现在还能用吗？ 怎么产生mol2文件？ 怎么在mol2文件里产生Gasteiger charge ？ 谢谢！ [ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:48 ] |
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mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！
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可以用，http://dddc.ac.cn/tarfisdock/index.php 先注册才能提交任务 产生Mol2文件最好用sybyl画，在sybyl里加电荷 如果没有sybyl，用chemd3d画好三维结构后保存为sdf，然后用openbabel转成mol2，自动计算gasteiger电荷。 |
2楼2008-12-07 14:59:27
3楼2008-12-08 08:06:43
4楼2008-12-08 10:14:25
5楼2008-12-08 20:33:48
xufund
至尊木虫 (知名作家)
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6楼2008-12-09 08:27:07
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我加上了电荷也不好使，输进去mol2文件后系统返回给我一个ID，我查询状态，提示已经计算完成。我查结果，结果却没有。没有经过计算就提示已经完成。 请看我下面的文件是不是对的： @ LIG1 64 66 1 0 0 SMALL GASTEIGER @ SMALL @ 1 O1 7.1962 2.5000 0.0000 O.3 1 LIG1 -0.3872 2 O2 8.9282 3.5000 0.0000 O.3 1 LIG1 -0.4857 3 O3 5.4641 -2.5000 0.0000 O.2 1 LIG1 -0.2741 4 O4 10.6603 2.5000 0.0000 O.3 1 LIG1 -0.4915 5 N1 7.1962 0.5000 0.0000 N.3 1 LIG1 -0.2974 6 N2 5.4641 -0.5000 0.0000 N.3 1 LIG1 -0.2916 7 N3 3.7321 -2.5000 0.0000 N.am 1 LIG1 -0.2840 8 C1 7.1962 -0.5000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.0118 9 C2 6.3301 1.0000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.0118 10 C3 6.3301 -1.0000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.0122 11 C4 5.4641 0.5000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.0122 12 C5 8.0622 1.0000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.0282 13 C6 4.5981 -1.0000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.0761 14 C7 8.0622 2.0000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.1018 15 C8 8.9282 2.5000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.1168 16 C9 4.5981 -2.0000 0.0000 C.cat 1 LIG1 0.2313 17 C10 3.7321 -3.5000 0.0000 C.ar 1 LIG1 0.0393 18 C11 9.7942 4.0000 0.0000 C.ar 1 LIG1 0.1620 19 C12 4.5981 -4.0000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0290 20 C13 2.8660 -4.0000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0290 21 C14 4.5981 -5.0000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0571 22 C15 2.8660 -5.0000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0571 23 C16 10.6603 3.5000 0.0000 C.ar 1 LIG1 0.1615 24 C17 5.4641 -3.5000 0.0000 C.3 1 LIG1 -0.0379 25 C18 2.0000 -3.5000 0.0000 C.3 1 LIG1 -0.0379 26 C19 9.7942 5.0000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0163 27 C20 3.7321 -5.5000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0611 28 C21 11.5263 4.0000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0163 29 C22 10.6603 5.5000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0581 30 C23 11.5263 5.0000 0.0000 C.ar 1 LIG1 -0.0581 31 C24 11.5263 2.0000 0.0000 C.3 1 LIG1 0.0790 32 H1 7.4082 -1.0826 0.0000 H 1 LIG1 0.0439 33 H2 7.8067 -0.3923 0.0000 H 1 LIG1 0.0439 34 H3 6.7287 1.4749 0.0000 H 1 LIG1 0.0439 35 H4 5.9316 1.4749 0.0000 H 1 LIG1 0.0439 36 H5 6.7287 -1.4749 0.0000 H 1 LIG1 0.0439 37 H6 5.9316 -1.4749 0.0000 H 1 LIG1 0.0439 38 H7 4.8535 0.3923 0.0000 H 1 LIG1 0.0439 39 H8 5.2520 1.0826 0.0000 H 1 LIG1 0.0439 40 H9 8.6728 1.1077 0.0000 H 1 LIG1 0.0453 41 H10 8.2742 0.4174 0.0000 H 1 LIG1 0.0453 42 H11 3.9875 -1.1077 0.0000 H 1 LIG1 0.0522 43 H12 4.3860 -0.4174 0.0000 H 1 LIG1 0.0522 44 H13 8.0622 2.6200 0.0000 H 1 LIG1 0.0640 45 H14 9.5388 2.6077 0.0000 H 1 LIG1 0.0723 46 H15 9.1403 1.9174 0.0000 H 1 LIG1 0.0723 47 H16 7.1962 3.1200 0.0000 H 1 LIG1 0.2100 48 H17 3.1951 -2.1900 0.0000 H 1 LIG1 0.1549 49 H18 5.1350 -5.3100 0.0000 H 1 LIG1 0.0621 50 H19 2.3291 -5.3100 0.0000 H 1 LIG1 0.0621 51 H20 5.7741 -4.0369 0.0000 H 1 LIG1 0.0278 52 H21 6.0010 -3.1900 0.0000 H 1 LIG1 0.0278 53 H22 5.1541 -2.9631 0.0000 H 1 LIG1 0.0278 54 H23 2.3100 -2.9631 0.0000 H 1 LIG1 0.0278 55 H24 1.4631 -3.1900 0.0000 H 1 LIG1 0.0278 56 H25 1.6900 -4.0369 0.0000 H 1 LIG1 0.0278 57 H26 9.2573 5.3100 0.0000 H 1 LIG1 0.0655 58 H27 3.7321 -6.1200 0.0000 H 1 LIG1 0.0618 59 H28 12.0632 3.6900 0.0000 H 1 LIG1 0.0655 60 H29 10.6603 6.1200 0.0000 H 1 LIG1 0.0619 61 H30 12.0632 5.3100 0.0000 H 1 LIG1 0.0619 62 H31 11.2163 1.4631 0.0000 H 1 LIG1 0.0660 63 H32 12.0632 1.6900 0.0000 H 1 LIG1 0.0660 64 H33 11.8363 2.5369 0.0000 H 1 LIG1 0.0660 @ 1 1 47 1 2 1 14 1 3 14 44 1 4 14 15 1 5 15 46 1 6 15 45 1 7 2 15 1 8 2 18 1 9 18 26 2 10 26 57 1 11 26 29 2 12 29 60 1 13 29 30 2 14 30 61 1 15 28 30 2 16 28 59 1 17 23 28 2 18 18 23 2 19 4 23 1 20 4 31 1 21 31 64 1 22 31 63 1 23 31 62 1 24 12 14 1 25 12 41 1 26 12 40 1 27 5 12 1 28 5 9 1 29 9 35 1 30 9 34 1 31 9 11 1 32 11 39 1 33 11 38 1 34 6 11 1 35 6 13 1 36 13 43 1 37 13 42 1 38 13 16 1 39 7 16 am 40 7 48 1 41 7 17 2 42 17 20 2 43 20 25 1 44 25 56 1 45 25 55 1 46 25 54 1 47 20 22 2 48 22 50 1 49 22 27 2 50 27 58 1 51 21 27 2 52 21 49 1 53 19 21 2 54 19 24 1 55 24 53 1 56 24 52 1 57 24 51 1 58 17 19 2 59 3 16 2 60 6 10 1 61 10 37 1 62 10 36 1 63 8 10 1 64 8 33 1 65 8 32 1 66 5 8 1 @ 1 LIG1 8 GROUP 4 A **** 0 ROOT |
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