版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知

返回列表

当前主题已经存档。

bangqing6

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 34.5
帖子: 8
在线:
虫号: 667130
注册: 2008-12-03
专业: 生物信息

[交流] 【求助】请问谁用过TarFisDock吗？指导指导啊！

请问用过TarFisDock吗？现在还能用吗？
怎么产生mol2文件？
怎么在mol2文件里产生Gasteiger charge ？
谢谢！

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:48 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

三甲基碘化亚砜的氧化反应已经有4人回复
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢已经有5人回复
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗已经有5人回复
孩子确诊有中度注意力缺陷已经有12人回复
2025冷门绝学什么时候出结果已经有3人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有4人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？已经有3人回复
论文投稿，期刊推荐已经有4人回复
硕士和导师闹得不愉快已经有13人回复

1楼2008-12-05 21:00:55

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 246.3
散金: 17
帖子: 124
在线: 139小时
虫号: 277211
注册: 2006-09-06
专业: 生物信息学

★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！

可以用，http://dddc.ac.cn/tarfisdock/index.php
先注册才能提交任务
产生Mol2文件最好用sybyl画，在sybyl里加电荷
如果没有sybyl，用chemd3d画好三维结构后保存为sdf，然后用openbabel转成mol2，自动计算gasteiger电荷。

赞一下(10人)

回复此楼

2楼2008-12-07 14:59:27

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 34.5
帖子: 8
在线:
虫号: 667130
注册: 2008-12-03
专业: 生物信息

那直接从数据库上下sdf 文件，再转换成mol2也可以吧。
我提交任务后，系统给我一个ID，好像没有经过计算就提示已经计算完成了。我查询结果也没有结果，也不能下载。
请问这是什么回事呢？

赞一下

回复此楼

3楼2008-12-08 08:06:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 34.5
帖子: 8
在线:
虫号: 667130
注册: 2008-12-03
专业: 生物信息

帮帮忙啊我用sdf 在openbabel中转成mol2,提交后也是不能看结果

赞一下

回复此楼

4楼2008-12-08 10:14:25

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 246.3
散金: 17
帖子: 124
在线: 139小时
虫号: 277211
注册: 2006-09-06
专业: 生物信息学

★
xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多光临计算综合版！

这个很可能还是小分子mol2文件的问题，tarfish基于dock，所以如果你的小分子能够在dock中成功运行得出结果就没问题。另外服务器的CPU比较古老，所以筛选至少需要几天时间。

赞一下(10人)

回复此楼

5楼2008-12-08 20:33:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 18237.5
散金: 20
红花: 5
帖子: 6734
在线: 811.7小时
虫号: 311488
注册: 2006-12-30
专业: 合成药物化学

★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！

请问是加gasteiger－Marsili电荷还是gasteiger－Huckel电荷?

赞一下(10人)

回复此楼

6楼2008-12-09 08:27:07

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 34.5
帖子: 8
在线:
虫号: 667130
注册: 2008-12-03
专业: 生物信息

我加上了电荷也不好使，输进去mol2文件后系统返回给我一个ID，我查询状态，提示已经计算完成。我查结果，结果却没有。没有经过计算就提示已经完成。
请看我下面的文件是不是对的：
@MOLECULE
LIG1
64 66 1 0 0
SMALL
GASTEIGER

@DICT
SMALL
@ATOM
   1 O1          7.1962 2.5000 0.0000 O.3    1  LIG1    -0.3872
   2 O2          8.9282 3.5000 0.0000 O.3    1  LIG1    -0.4857
   3 O3          5.4641 -2.5000 0.0000 O.2    1  LIG1    -0.2741
   4 O4       10.6603 2.5000 0.0000 O.3    1  LIG1    -0.4915
   5 N1          7.1962 0.5000 0.0000 N.3    1  LIG1    -0.2974
   6 N2          5.4641 -0.5000 0.0000 N.3    1  LIG1    -0.2916
   7 N3          3.7321 -2.5000 0.0000 N.am 1  LIG1    -0.2840
   8 C1          7.1962 -0.5000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.0118
   9 C2          6.3301 1.0000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.0118
   10 C3          6.3301 -1.0000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.0122
   11 C4          5.4641 0.5000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.0122
   12 C5          8.0622 1.0000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.0282
   13 C6          4.5981 -1.0000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.0761
   14 C7          8.0622 2.0000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.1018
   15 C8          8.9282 2.5000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.1168
   16 C9          4.5981 -2.0000 0.0000 C.cat 1  LIG1       0.2313
   17 C10       3.7321 -3.5000 0.0000 C.ar 1  LIG1       0.0393
   18 C11       9.7942 4.0000 0.0000 C.ar 1  LIG1       0.1620
   19 C12       4.5981 -4.0000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0290
   20 C13       2.8660 -4.0000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0290
   21 C14       4.5981 -5.0000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0571
   22 C15       2.8660 -5.0000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0571
   23 C16       10.6603 3.5000 0.0000 C.ar 1  LIG1       0.1615
   24 C17       5.4641 -3.5000 0.0000 C.3    1  LIG1    -0.0379
   25 C18       2.0000 -3.5000 0.0000 C.3    1  LIG1    -0.0379
   26 C19       9.7942 5.0000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0163
   27 C20       3.7321 -5.5000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0611
   28 C21       11.5263 4.0000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0163
   29 C22       10.6603 5.5000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0581
   30 C23       11.5263 5.0000 0.0000 C.ar 1  LIG1    -0.0581
   31 C24       11.5263 2.0000 0.0000 C.3    1  LIG1       0.0790
   32 H1          7.4082 -1.0826 0.0000 H    1  LIG1       0.0439
   33 H2          7.8067 -0.3923 0.0000 H    1  LIG1       0.0439
   34 H3          6.7287 1.4749 0.0000 H    1  LIG1       0.0439
   35 H4          5.9316 1.4749 0.0000 H    1  LIG1       0.0439
   36 H5          6.7287 -1.4749 0.0000 H    1  LIG1       0.0439
   37 H6          5.9316 -1.4749 0.0000 H    1  LIG1       0.0439
   38 H7          4.8535 0.3923 0.0000 H    1  LIG1       0.0439
   39 H8          5.2520 1.0826 0.0000 H    1  LIG1       0.0439
   40 H9          8.6728 1.1077 0.0000 H    1  LIG1       0.0453
   41 H10       8.2742 0.4174 0.0000 H    1  LIG1       0.0453
   42 H11       3.9875 -1.1077 0.0000 H    1  LIG1       0.0522
   43 H12       4.3860 -0.4174 0.0000 H    1  LIG1       0.0522
   44 H13       8.0622 2.6200 0.0000 H    1  LIG1       0.0640
   45 H14       9.5388 2.6077 0.0000 H    1  LIG1       0.0723
   46 H15       9.1403 1.9174 0.0000 H    1  LIG1       0.0723
   47 H16       7.1962 3.1200 0.0000 H    1  LIG1       0.2100
   48 H17       3.1951 -2.1900 0.0000 H    1  LIG1       0.1549
   49 H18       5.1350 -5.3100 0.0000 H    1  LIG1       0.0621
   50 H19       2.3291 -5.3100 0.0000 H    1  LIG1       0.0621
   51 H20       5.7741 -4.0369 0.0000 H    1  LIG1       0.0278
   52 H21       6.0010 -3.1900 0.0000 H    1  LIG1       0.0278
   53 H22       5.1541 -2.9631 0.0000 H    1  LIG1       0.0278
   54 H23       2.3100 -2.9631 0.0000 H    1  LIG1       0.0278
   55 H24       1.4631 -3.1900 0.0000 H    1  LIG1       0.0278
   56 H25       1.6900 -4.0369 0.0000 H    1  LIG1       0.0278
   57 H26       9.2573 5.3100 0.0000 H    1  LIG1       0.0655
   58 H27       3.7321 -6.1200 0.0000 H    1  LIG1       0.0618
   59 H28       12.0632 3.6900 0.0000 H    1  LIG1       0.0655
   60 H29       10.6603 6.1200 0.0000 H    1  LIG1       0.0619
   61 H30       12.0632 5.3100 0.0000 H    1  LIG1       0.0619
   62 H31       11.2163 1.4631 0.0000 H    1  LIG1       0.0660
   63 H32       12.0632 1.6900 0.0000 H    1  LIG1       0.0660
   64 H33       11.8363 2.5369 0.0000 H    1  LIG1       0.0660
@BOND
   1 1 47 1
   2 1 14 1
   3 14 44 1
   4 14 15 1
   5 15 46 1
   6 15 45 1
   7 2 15 1
   8 2 18 1
   9 18 26 2
10 26 57 1
11 26 29 2
12 29 60 1
13 29 30 2
14 30 61 1
15 28 30 2
16 28 59 1
17 23 28 2
18 18 23 2
19 4 23 1
20 4 31 1
21 31 64 1
22 31 63 1
23 31 62 1
24 12 14 1
25 12 41 1
26 12 40 1
27 5 12 1
28 5 9 1
29 9 35 1
30 9 34 1
31 9 11 1
32 11 39 1
33 11 38 1
34 6 11 1
35 6 13 1
36 13 43 1
37 13 42 1
38 13 16 1
39 7 16 am
40 7 48 1
41 7 17 2
42 17 20 2
43 20 25 1
44 25 56 1
45 25 55 1
46 25 54 1
47 20 22 2
48 22 50 1
49 22 27 2
50 27 58 1
51 21 27 2
52 21 49 1
53 19 21 2
54 19 24 1
55 24 53 1
56 24 52 1
57 24 51 1
58 17 19 2
59 3 16 2
60 6 10 1
61 10 37 1
62 10 36 1
63 8 10 1
64 8 33 1
65 8 32 1
66 5 8 1
@SUBSTRUCTURE
   1 LIG1       8 GROUP          4 A    ****    0 ROOT

赞一下

回复此楼

7楼2008-12-09 09:50:54

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖