应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问谁用过TarFisDock吗？指导指导啊！
121/2返回列表12下一页
查看: 1517  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

bangqing6

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请问谁用过TarFisDock吗？指导指导啊！

请问用过TarFisDock吗？现在还能用吗？
怎么产生mol2文件？
怎么在mol2文件里产生Gasteiger charge ？
谢谢！

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:48 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-12-05 21:00:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！
可以用，http://dddc.ac.cn/tarfisdock/index.php
先注册才能提交任务
产生Mol2文件最好用sybyl画，在sybyl里加电荷
如果没有sybyl，用chemd3d画好三维结构后保存为sdf，然后用openbabel转成mol2，自动计算gasteiger电荷。
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-12-07 14:59:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)
那直接从数据库上下sdf 文件，再转换成mol2也可以吧。
我提交任务后，系统给我一个ID，好像没有经过计算就提示已经计算完成了。我查询结果也没有结果，也不能下载。
请问这是什么回事呢？
赞一下 回复此楼
3楼2008-12-08 08:06:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)
帮帮忙啊  我用sdf 在openbabel中转成mol2,提交后也是不能看结果
赞一下 回复此楼
4楼2008-12-08 10:14:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多光临计算综合版！
这个很可能还是小分子mol2文件的问题，tarfish基于dock，所以如果你的小分子能够在dock中成功运行得出结果就没问题。另外服务器的CPU比较古老，所以筛选至少需要几天时间。
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2008-12-08 20:33:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
请问是加gasteiger－Marsili电荷还是gasteiger－Huckel电荷?
赞一下(10人) 回复此楼
6楼2008-12-09 08:27:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)
我加上了电荷也不好使，输进去mol2文件后系统返回给我一个ID，我查询状态，提示已经计算完成。我查结果，结果却没有。没有经过计算就提示已经完成。
请看我下面的文件是不是对的：
@MOLECULE
LIG1
   64    66    1    0    0
SMALL
GASTEIGER


@DICT
SMALL
@ATOM
      1 O1           7.1962    2.5000    0.0000 O.3     1  LIG1       -0.3872
      2 O2           8.9282    3.5000    0.0000 O.3     1  LIG1       -0.4857
      3 O3           5.4641   -2.5000    0.0000 O.2     1  LIG1       -0.2741
      4 O4          10.6603    2.5000    0.0000 O.3     1  LIG1       -0.4915
      5 N1           7.1962    0.5000    0.0000 N.3     1  LIG1       -0.2974
      6 N2           5.4641   -0.5000    0.0000 N.3     1  LIG1       -0.2916
      7 N3           3.7321   -2.5000    0.0000 N.am    1  LIG1       -0.2840
      8 C1           7.1962   -0.5000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.0118
      9 C2           6.3301    1.0000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.0118
     10 C3           6.3301   -1.0000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.0122
     11 C4           5.4641    0.5000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.0122
     12 C5           8.0622    1.0000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.0282
     13 C6           4.5981   -1.0000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.0761
     14 C7           8.0622    2.0000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.1018
     15 C8           8.9282    2.5000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.1168
     16 C9           4.5981   -2.0000    0.0000 C.cat   1  LIG1        0.2313
     17 C10          3.7321   -3.5000    0.0000 C.ar    1  LIG1        0.0393
     18 C11          9.7942    4.0000    0.0000 C.ar    1  LIG1        0.1620
     19 C12          4.5981   -4.0000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0290
     20 C13          2.8660   -4.0000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0290
     21 C14          4.5981   -5.0000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0571
     22 C15          2.8660   -5.0000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0571
     23 C16         10.6603    3.5000    0.0000 C.ar    1  LIG1        0.1615
     24 C17          5.4641   -3.5000    0.0000 C.3     1  LIG1       -0.0379
     25 C18          2.0000   -3.5000    0.0000 C.3     1  LIG1       -0.0379
     26 C19          9.7942    5.0000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0163
     27 C20          3.7321   -5.5000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0611
     28 C21         11.5263    4.0000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0163
     29 C22         10.6603    5.5000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0581
     30 C23         11.5263    5.0000    0.0000 C.ar    1  LIG1       -0.0581
     31 C24         11.5263    2.0000    0.0000 C.3     1  LIG1        0.0790
     32 H1           7.4082   -1.0826    0.0000 H       1  LIG1        0.0439
     33 H2           7.8067   -0.3923    0.0000 H       1  LIG1        0.0439
     34 H3           6.7287    1.4749    0.0000 H       1  LIG1        0.0439
     35 H4           5.9316    1.4749    0.0000 H       1  LIG1        0.0439
     36 H5           6.7287   -1.4749    0.0000 H       1  LIG1        0.0439
     37 H6           5.9316   -1.4749    0.0000 H       1  LIG1        0.0439
     38 H7           4.8535    0.3923    0.0000 H       1  LIG1        0.0439
     39 H8           5.2520    1.0826    0.0000 H       1  LIG1        0.0439
     40 H9           8.6728    1.1077    0.0000 H       1  LIG1        0.0453
     41 H10          8.2742    0.4174    0.0000 H       1  LIG1        0.0453
     42 H11          3.9875   -1.1077    0.0000 H       1  LIG1        0.0522
     43 H12          4.3860   -0.4174    0.0000 H       1  LIG1        0.0522
     44 H13          8.0622    2.6200    0.0000 H       1  LIG1        0.0640
     45 H14          9.5388    2.6077    0.0000 H       1  LIG1        0.0723
     46 H15          9.1403    1.9174    0.0000 H       1  LIG1        0.0723
     47 H16          7.1962    3.1200    0.0000 H       1  LIG1        0.2100
     48 H17          3.1951   -2.1900    0.0000 H       1  LIG1        0.1549
     49 H18          5.1350   -5.3100    0.0000 H       1  LIG1        0.0621
     50 H19          2.3291   -5.3100    0.0000 H       1  LIG1        0.0621
     51 H20          5.7741   -4.0369    0.0000 H       1  LIG1        0.0278
     52 H21          6.0010   -3.1900    0.0000 H       1  LIG1        0.0278
     53 H22          5.1541   -2.9631    0.0000 H       1  LIG1        0.0278
     54 H23          2.3100   -2.9631    0.0000 H       1  LIG1        0.0278
     55 H24          1.4631   -3.1900    0.0000 H       1  LIG1        0.0278
     56 H25          1.6900   -4.0369    0.0000 H       1  LIG1        0.0278
     57 H26          9.2573    5.3100    0.0000 H       1  LIG1        0.0655
     58 H27          3.7321   -6.1200    0.0000 H       1  LIG1        0.0618
     59 H28         12.0632    3.6900    0.0000 H       1  LIG1        0.0655
     60 H29         10.6603    6.1200    0.0000 H       1  LIG1        0.0619
     61 H30         12.0632    5.3100    0.0000 H       1  LIG1        0.0619
     62 H31         11.2163    1.4631    0.0000 H       1  LIG1        0.0660
     63 H32         12.0632    1.6900    0.0000 H       1  LIG1        0.0660
     64 H33         11.8363    2.5369    0.0000 H       1  LIG1        0.0660
@BOND
     1    1   47 1
     2    1   14 1
     3   14   44 1
     4   14   15 1
     5   15   46 1
     6   15   45 1
     7    2   15 1
     8    2   18 1
     9   18   26 2
    10   26   57 1
    11   26   29 2
    12   29   60 1
    13   29   30 2
    14   30   61 1
    15   28   30 2
    16   28   59 1
    17   23   28 2
    18   18   23 2
    19    4   23 1
    20    4   31 1
    21   31   64 1
    22   31   63 1
    23   31   62 1
    24   12   14 1
    25   12   41 1
    26   12   40 1
    27    5   12 1
    28    5    9 1
    29    9   35 1
    30    9   34 1
    31    9   11 1
    32   11   39 1
    33   11   38 1
    34    6   11 1
    35    6   13 1
    36   13   43 1
    37   13   42 1
    38   13   16 1
    39    7   16 am
    40    7   48 1
    41    7   17 2
    42   17   20 2
    43   20   25 1
    44   25   56 1
    45   25   55 1
    46   25   54 1
    47   20   22 2
    48   22   50 1
    49   22   27 2
    50   27   58 1
    51   21   27 2
    52   21   49 1
    53   19   21 2
    54   19   24 1
    55   24   53 1
    56   24   52 1
    57   24   51 1
    58   17   19 2
    59    3   16 2
    60    6   10 1
    61   10   37 1
    62   10   36 1
    63    8   10 1
    64    8   33 1
    65    8   32 1
    66    5    8 1
@SUBSTRUCTURE
     1 LIG1        8 GROUP           4 A     ****     0 ROOT
赞一下 回复此楼
7楼2008-12-09 09:50:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemhz

铁杆木虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
你的小分子没有处理好！ 这个是什么格式？
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-12-09 10:14:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)
这是mol2格式 怎样才能处理好呢？我用过openbabel转成mol2，也不行。要怎样处理才可以？
赞一下 回复此楼
9楼2008-12-09 12:26:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多关注计算综合版！
这是二维结构，并且苯环上的键类型有错误，请改正后转换为三维结构重新提交。
赞一下(10人) 回复此楼
10楼2008-12-10 17:27:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bangqing6 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭