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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问谁用过TarFisDock吗？指导指导啊！
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bangqing6

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请问谁用过TarFisDock吗？指导指导啊！

请问用过TarFisDock吗？现在还能用吗？
怎么产生mol2文件？
怎么在mol2文件里产生Gasteiger charge ？
谢谢！

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:48 ]
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1楼 2008-12-05 21:00:55
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bangqing6

新虫 (初入文坛)
那直接从数据库上下sdf 文件，再转换成mol2也可以吧。
我提交任务后，系统给我一个ID，好像没有经过计算就提示已经计算完成了。我查询结果也没有结果，也不能下载。
请问这是什么回事呢？
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3楼2008-12-08 08:06:43
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！
可以用，http://dddc.ac.cn/tarfisdock/index.php
先注册才能提交任务
产生Mol2文件最好用sybyl画，在sybyl里加电荷
如果没有sybyl，用chemd3d画好三维结构后保存为sdf，然后用openbabel转成mol2，自动计算gasteiger电荷。
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2楼2008-12-07 14:59:27
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bangqing6

新虫 (初入文坛)
帮帮忙啊  我用sdf 在openbabel中转成mol2,提交后也是不能看结果
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4楼2008-12-08 10:14:25
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多光临计算综合版！
这个很可能还是小分子mol2文件的问题，tarfish基于dock，所以如果你的小分子能够在dock中成功运行得出结果就没问题。另外服务器的CPU比较古老，所以筛选至少需要几天时间。
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5楼2008-12-08 20:33:48
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