应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问谁用过TarFisDock吗？指导指导啊！
51/1返回列表
查看: 1440  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请问谁用过TarFisDock吗？指导指导啊！

请问用过TarFisDock吗？现在还能用吗？
怎么产生mol2文件？
怎么在mol2文件里产生Gasteiger charge ？
谢谢！

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:48 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-12-05 21:00:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多光临计算综合版！
这个很可能还是小分子mol2文件的问题，tarfish基于dock，所以如果你的小分子能够在dock中成功运行得出结果就没问题。另外服务器的CPU比较古老，所以筛选至少需要几天时间。
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2008-12-08 20:33:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！
可以用，http://dddc.ac.cn/tarfisdock/index.php
先注册才能提交任务
产生Mol2文件最好用sybyl画，在sybyl里加电荷
如果没有sybyl，用chemd3d画好三维结构后保存为sdf，然后用openbabel转成mol2，自动计算gasteiger电荷。
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-12-07 14:59:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)
那直接从数据库上下sdf 文件，再转换成mol2也可以吧。
我提交任务后，系统给我一个ID，好像没有经过计算就提示已经计算完成了。我查询结果也没有结果，也不能下载。
请问这是什么回事呢？
赞一下 回复此楼
3楼2008-12-08 08:06:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bangqing6

新虫 (初入文坛)
帮帮忙啊  我用sdf 在openbabel中转成mol2,提交后也是不能看结果
赞一下 回复此楼
4楼2008-12-08 10:14:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] FileCode能看出啥？ +8 要乐观耀哥 2026-08-10 21/1050 2026-08-12 16:08 by 云上清扬
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +4 majunge000 2026-08-10 4/200 2026-08-12 15:46 by 云上清扬
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭