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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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bangqing6

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请问谁用过TarFisDock吗?指导指导啊!

请问用过TarFisDock吗?现在还能用吗?
怎么产生mol2文件?
怎么在mol2文件里产生Gasteiger charge ?
谢谢!

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:48 ]
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xufund

至尊木虫 (知名作家)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
请问是加gasteiger-Marsili电荷还是gasteiger-Huckel电荷?
6楼2008-12-09 08:27:07
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢!
可以用,http://dddc.ac.cn/tarfisdock/index.php
先注册才能提交任务
产生Mol2文件最好用sybyl画,在sybyl里加电荷
如果没有sybyl,用chemd3d画好三维结构后保存为sdf,然后用openbabel转成mol2,自动计算gasteiger电荷。
2楼2008-12-07 14:59:27
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bangqing6

新虫 (初入文坛)

那直接从数据库上下sdf 文件,再转换成mol2也可以吧。
我提交任务后,系统给我一个ID,好像没有经过计算就提示已经计算完成了。我查询结果也没有结果,也不能下载。
请问这是什么回事呢?
3楼2008-12-08 08:06:43
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bangqing6

新虫 (初入文坛)

帮帮忙啊  我用sdf 在openbabel中转成mol2,提交后也是不能看结果
4楼2008-12-08 10:14:25
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