24小时热门版块排行榜    

查看: 1047  |  回复: 6

md模拟

新虫 (初入文坛)

[求助] 在lammps中怎么在模拟体系最顶端定义一个原子啊 已有2人参与

求大神给说一下,用lammps软件在整个模拟体系中怎么人为选取一个原子,是要用坐标来表示吗在手册中可以查到吗

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gredream

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

2楼2016-12-03 22:44:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gredream at 2016-12-03 22:44:48
id

谢谢没看到,用group id的话,怎么知道原子的位置信息呢,我是用的lammps建的模型,希望能帮助一下

发自小木虫Android客户端
3楼2016-12-05 14:49:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gredream

禁虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

4楼2016-12-05 14:58:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gredream at 2016-12-05 14:58:04
VMD里看呀,用 0<x and x<1 and y>10 and y<21 and z>15 and z<16选择到你想看的原子,找到id的编号,让group id 他在in文件中选中...

就是说先在lammps中建立模型之后,直接运行就可以在vmd中看到了吗,直接打你刚才的命令就可以了?一直在搞这个不知道怎么弄,谢谢帮助大神

发自小木虫Android客户端
5楼2016-12-05 17:45:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by md模拟 at 2016-12-05 17:45:26
就是说先在lammps中建立模型之后,直接运行就可以在vmd中看到了吗,直接打你刚才的命令就可以了?一直在搞这个不知道怎么弄,谢谢帮助大神
...

把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等,用vmd打开确认是哪个原子
gromacs
6楼2016-12-05 20:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2016-12-05 20:36:56
把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等,用vmd打开确认是哪个原子...

谢谢大神回复,主要是我用的lammps建的模型,没有data文件啊,这我就是想在模拟体系最顶端设定一个原子,所以不知道在模拟体系这个原子的id

发自小木虫Android客户端
7楼2016-12-05 21:10:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 md模拟 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 长年满屏的广告,版主太不责任了。基金也等的急 +3 gltch 2026-08-12 3/150 2026-08-12 13:25 by dcqxinyang
[基金申请] filecode +11 documentary 2026-08-10 12/600 2026-08-12 12:42 by kudofaye
[基金申请] 不应该看fileCode +4 且听虎啸 2026-08-12 4/200 2026-08-12 12:40 by 行无人
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +20 Lanmanbaby 2026-08-09 33/1650 2026-08-12 11:26 by lantianda
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&amp;fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
信息提示
请填处理意见