24小时热门版块排行榜    

查看: 1067  |  回复: 6

md模拟

新虫 (初入文坛)

[求助] 在lammps中怎么在模拟体系最顶端定义一个原子啊 已有2人参与

求大神给说一下,用lammps软件在整个模拟体系中怎么人为选取一个原子,是要用坐标来表示吗在手册中可以查到吗

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gredream

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

2楼2016-12-03 22:44:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gredream at 2016-12-03 22:44:48
id

谢谢没看到,用group id的话,怎么知道原子的位置信息呢,我是用的lammps建的模型,希望能帮助一下

发自小木虫Android客户端
3楼2016-12-05 14:49:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gredream

禁虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

4楼2016-12-05 14:58:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gredream at 2016-12-05 14:58:04
VMD里看呀,用 0<x and x<1 and y>10 and y<21 and z>15 and z<16选择到你想看的原子,找到id的编号,让group id 他在in文件中选中...

就是说先在lammps中建立模型之后,直接运行就可以在vmd中看到了吗,直接打你刚才的命令就可以了?一直在搞这个不知道怎么弄,谢谢帮助大神

发自小木虫Android客户端
5楼2016-12-05 17:45:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by md模拟 at 2016-12-05 17:45:26
就是说先在lammps中建立模型之后,直接运行就可以在vmd中看到了吗,直接打你刚才的命令就可以了?一直在搞这个不知道怎么弄,谢谢帮助大神
...

把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等,用vmd打开确认是哪个原子
gromacs
6楼2016-12-05 20:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2016-12-05 20:36:56
把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等,用vmd打开确认是哪个原子...

谢谢大神回复,主要是我用的lammps建的模型,没有data文件啊,这我就是想在模拟体系最顶端设定一个原子,所以不知道在模拟体系这个原子的id

发自小木虫Android客户端
7楼2016-12-05 21:10:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 md模拟 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 8/400 2026-09-01 12:58 by ssyjh
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
信息提示
请填处理意见