应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 在lammps中怎么在模拟体系最顶端定义一个原子啊
71/1返回列表
查看: 938  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

md模拟

新虫 (初入文坛)

[求助] 在lammps中怎么在模拟体系最顶端定义一个原子啊 已有2人参与

求大神给说一下，用lammps软件在整个模拟体系中怎么人为选取一个原子，是要用坐标来表示吗在手册中可以查到吗

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-12-03 17:33:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gredream

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
2楼2016-12-03 22:44:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gredream at 2016-12-03 22:44:48
id

谢谢没看到，用group id的话，怎么知道原子的位置信息呢，我是用的lammps建的模型，希望能帮助一下

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-12-05 14:49:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gredream

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
4楼2016-12-05 14:58:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gredream at 2016-12-05 14:58:04
VMD里看呀，用 0<x and x<1 and y>10 and y<21 and z>15 and z<16选择到你想看的原子，找到id的编号，让group id 他在in文件中选中...

就是说先在lammps中建立模型之后，直接运行就可以在vmd中看到了吗，直接打你刚才的命令就可以了？一直在搞这个不知道怎么弄，谢谢帮助大神

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2016-12-05 17:45:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by md模拟 at 2016-12-05 17:45:26
就是说先在lammps中建立模型之后，直接运行就可以在vmd中看到了吗，直接打你刚才的命令就可以了？一直在搞这个不知道怎么弄，谢谢帮助大神
...

把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等，用vmd打开确认是哪个原子
赞一下 回复此楼
gromacs
6楼2016-12-05 20:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2016-12-05 20:36:56
把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等，用vmd打开确认是哪个原子...

谢谢大神回复，主要是我用的lammps建的模型，没有data文件啊，这我就是想在模拟体系最顶端设定一个原子，所以不知道在模拟体系这个原子的id

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2016-12-05 21:10:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 md模拟 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂 +11 吃吃吃才有意义 2026-03-19 11/550 2026-03-21 18:23 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +4 某某某某位 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:30 by barlinike
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 070300化学319求调剂 +7 锦鲤0909 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:46 by JourneyLucky
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 299求调剂 +6 △小透明* 2026-03-17 6/300 2026-03-21 02:42 by JourneyLucky
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 南京大学化学376求调剂 +3 hisfailed 2026-03-19 6/300 2026-03-20 23:43 by hisfailed
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 求调剂，一志愿:南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以） +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 344求调剂 +6 knight344 2026-03-16 7/350 2026-03-18 20:13 by walc
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭