应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 在lammps中怎么在模拟体系最顶端定义一个原子啊
71/1返回列表
查看: 934  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

md模拟

新虫 (初入文坛)

[求助] 在lammps中怎么在模拟体系最顶端定义一个原子啊 已有2人参与

求大神给说一下，用lammps软件在整个模拟体系中怎么人为选取一个原子，是要用坐标来表示吗在手册中可以查到吗

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-12-03 17:33:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gredream

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
2楼2016-12-03 22:44:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gredream at 2016-12-03 22:44:48
id

谢谢没看到，用group id的话，怎么知道原子的位置信息呢，我是用的lammps建的模型，希望能帮助一下

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-12-05 14:49:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gredream

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
4楼2016-12-05 14:58:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gredream at 2016-12-05 14:58:04
VMD里看呀，用 0<x and x<1 and y>10 and y<21 and z>15 and z<16选择到你想看的原子，找到id的编号，让group id 他在in文件中选中...

就是说先在lammps中建立模型之后，直接运行就可以在vmd中看到了吗，直接打你刚才的命令就可以了？一直在搞这个不知道怎么弄，谢谢帮助大神

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2016-12-05 17:45:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by md模拟 at 2016-12-05 17:45:26
就是说先在lammps中建立模型之后，直接运行就可以在vmd中看到了吗，直接打你刚才的命令就可以了？一直在搞这个不知道怎么弄，谢谢帮助大神
...

把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等，用vmd打开确认是哪个原子
赞一下 回复此楼
gromacs
6楼2016-12-05 20:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2016-12-05 20:36:56
把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等，用vmd打开确认是哪个原子...

谢谢大神回复，主要是我用的lammps建的模型，没有data文件啊，这我就是想在模拟体系最顶端设定一个原子，所以不知道在模拟体系这个原子的id

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2016-12-05 21:10:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 md模拟 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289材料与化工（085600）B区求调剂 +3 这么名字咋样 2026-03-22 4/200 2026-03-22 17:56 by 云民大李老师
[考研] 一志愿武理材料工程348求调剂 +4 ￣^￣゜汗 2026-03-19 6/300 2026-03-22 17:44 by luoyongfeng
[考研] 一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂 +3 niko- 2026-03-22 3/150 2026-03-22 15:15 by 杨杨杨紫
[考研] 材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂 +3 幸运的酱酱 2026-03-22 4/200 2026-03-22 15:06 by allen-yin
[考研] 一志愿华中科技大学071000，求调剂 +4 沿岸有贝壳6 2026-03-21 4/200 2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 化学调剂 +5 yzysaa 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:12 by peike
[考研] 材料学硕333求调剂 +3 北道巷 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:17 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 材料工程（专）一志愿985 初试335求调剂 +3 hiloiy 2026-03-17 4/200 2026-03-21 03:04 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300（化学）304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
[考研] 环境工程调剂 +9 大可digkids 2026-03-16 9/450 2026-03-20 17:38 by 醉在风里
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭