| 查看: 1928 | 回复: 2 | ||
胡博洋的洋金虫 (小有名气)
|
[求助]
求助各位前辈关于在LAMMPS中angle_style的设置问题。
|
|
大家好，我需要进行LiFePO4的分子动力学模拟，因为是第一次使用LAMMPS，很多地方不懂，请大家理解。 我在angle_style命令可以选择harmonic,对应的angle_coeff通过查文献也可以找到。但是我有一个疑问，除了这两个命令以外，没有感觉到有定义说这个角是由哪三个原子组成，比如我要定义O-P-O的三体弯曲势（Here it is defined for each O-P-O bond and takes the form of a harmonic angle-bending potential about the central P ion） 我的命令是 angle_style harmonic angle_coeff 1 0.6613 109.47 结果错误提示说我定义的原子类型（我定义的是charge）不可以定义角。（@#￥……&*真的是原子类型的问题吗），然后我又看manual，发现在data文件里有这样说： Angles section: • one line per angle • line syntax: ID type atom1 atom2 atom3 ID = number of angle (1-Nangles) type = angle type (1-Nangletype) atom1,atom2,atom3 = IDs of 1st,2nd,3rd atoms in angle 于是我觉得有希望了，但是有一点还是不明白，就是这三个原子的ID，它的意思是指原子的ID吧，也就是说要一步一步的输入原子的ID，也就是需要自己判断是哪三个原子所成的角。自己判断的话我起初是打算把与中间的那个P相距最近的四个O算出来，后来发现只有三个距离特别近且几乎一样，第四个最近的O至少也是刚才那三个距离的5倍。因为正常情况应该是P位于四个O组成的四面体的中心，所以不应该出现上述情况， 1、想请问下大家出现类似情况是什么原因呢？原子坐标啥的计算我可以确定是没问题的。 2、在考虑是不是周期性边界条件啥的，真正的那个O在另一个区域？ 3、推到重来，应该怎么样定义三体弯曲势？ 4、原子类型为charge真的不可以定义键角吗？ 5、请求各位前辈指点～～ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps中min_style命令
已经有7人回复
- 求助各位前辈帮我看看安装并行安装LAMMPS中的问题
已经有5人回复
ddll_slsl
木虫 (正式写手)
- 应助: 101 (高中生)
- 金币: 2939.2
- 红花: 6
- 帖子: 670
- 在线: 255.3小时
- 虫号: 2121784
- 注册: 2012-11-12
- 专业: 动力学与控制
2楼2013-05-03 13:02:40
胡博洋的洋
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1157.8
- 帖子: 93
- 在线: 123.9小时
- 虫号: 2351552
- 注册: 2013-03-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-05-03 19:14:31
