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胡博洋的洋金虫 (小有名气)
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[求助]
求助各位前辈关于在LAMMPS中angle_style的设置问题。
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大家好，我需要进行LiFePO4的分子动力学模拟，因为是第一次使用LAMMPS，很多地方不懂，请大家理解。 我在angle_style命令可以选择harmonic,对应的angle_coeff通过查文献也可以找到。但是我有一个疑问，除了这两个命令以外，没有感觉到有定义说这个角是由哪三个原子组成，比如我要定义O-P-O的三体弯曲势（Here it is defined for each O-P-O bond and takes the form of a harmonic angle-bending potential about the central P ion） 我的命令是 angle_style harmonic angle_coeff 1 0.6613 109.47 结果错误提示说我定义的原子类型（我定义的是charge）不可以定义角。（@#￥……&*真的是原子类型的问题吗），然后我又看manual，发现在data文件里有这样说： Angles section: • one line per angle • line syntax: ID type atom1 atom2 atom3 ID = number of angle (1-Nangles) type = angle type (1-Nangletype) atom1,atom2,atom3 = IDs of 1st,2nd,3rd atoms in angle 于是我觉得有希望了，但是有一点还是不明白，就是这三个原子的ID，它的意思是指原子的ID吧，也就是说要一步一步的输入原子的ID，也就是需要自己判断是哪三个原子所成的角。自己判断的话我起初是打算把与中间的那个P相距最近的四个O算出来，后来发现只有三个距离特别近且几乎一样，第四个最近的O至少也是刚才那三个距离的5倍。因为正常情况应该是P位于四个O组成的四面体的中心，所以不应该出现上述情况， 1、想请问下大家出现类似情况是什么原因呢？原子坐标啥的计算我可以确定是没问题的。 2、在考虑是不是周期性边界条件啥的，真正的那个O在另一个区域？ 3、推到重来，应该怎么样定义三体弯曲势？ 4、原子类型为charge真的不可以定义键角吗？ 5、请求各位前辈指点～～ |
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胡博洋的洋
金虫 (小有名气)
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