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韩欢欢

金虫 (初入文坛)

[求助] LAMMPS中怎对体系进行单轴压缩 已有1人参与

LAMMPS中怎么对体系进行单轴压缩，是以一定的应变率进行压缩的，请教下在lammps中用什么命令实现
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Demi
1楼 2013-12-09 15:55:17
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ashioulou

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-09 18:55:12
月只蓝: 金币+1, 鼓励新手参与讨论。 2013-12-09 18:55:19
deform
剩下的你自己看網站上的commands就知道了
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2楼2013-12-09 16:22:20
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韩欢欢

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ashioulou at 2013-12-09 16:22:20
deform
剩下的你自己看網站上的commands就知道了

你好，我用了fix deform做了压缩，周期性边界条件，单轴z向压缩，可是怎么老是出现这个问题，fix    6 all deform  10 z erate -0.0005 units box
ERROR: Final box dimension due to fix deform is < 0.0 (../fix_deform.cpp:475)。我最大压缩量是20%，timestep是0.001，跑了4000000步，是什么问题呢？求指教
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Demi
3楼2013-12-17 10:03:49
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ashioulou

铜虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-18 08:54:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by 韩欢欢 at 2013-12-17 10:03:49
你好，我用了fix deform做了压缩，周期性边界条件，单轴z向压缩，可是怎么老是出现这个问题，fix    6 all deform  10 z erate -0.0005 units box
ERROR: Final box dimension due to fix deform is < 0.0 (.. ...

就是壓太大了 錯誤寫得很明顯:Final box dimension due to fix deform is < 0.0
我建議你可以把錯誤的log.lammps檔拿出?碜x一讀 自己算算看你給的commands是不是真的如你所想的那樣
fix  6 all deform  10 z erate -0.0005 units box <是每10步執行一次工程應變-0.0005 跟timestep沒有關係跟你的總步數有關係
意思就是說每10步壓縮0.0005 總共4000000 所以壓縮了400000*0.0005早就超過1 完全不合理!!
官網上的commands寫得很清楚 建議你出問題再讀仔細一點
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4楼2013-12-17 21:05:24
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韩欢欢

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ashioulou at 2013-12-17 21:05:24
就是壓太大了 錯誤寫得很明顯:Final box dimension due to fix deform is < 0.0
我建議你可以把錯誤的log.lammps檔拿出?碜x一讀 自己算算看你給的commands是不是真的如你所想的那樣
fix  6 all deform  10 z  ...

你好，最后的应变不是这么计算的吗：strain最后是无量纲的，所以要*timestep再乘以run的步数啊，
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Demi
5楼2013-12-17 22:30:10
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韩欢欢

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ashioulou at 2013-12-17 21:05:24
就是壓太大了 錯誤寫得很明顯:Final box dimension due to fix deform is < 0.0
我建議你可以把錯誤的log.lammps檔拿出?碜x一讀 自己算算看你給的commands是不是真的如你所想的那樣
fix  6 all deform  10 z  ...

-0.0005是应变率单位是/ps ，应变不该这么计算？strain rate 0.0005*timestep 0.001 *每10不压缩一次(run 4000000/10)*100%=20%
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Demi
6楼2013-12-17 22:47:14
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ashioulou

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
韩欢欢: 金币+10, ★有帮助 2013-12-18 17:20:36
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-19 12:34:17
????????h????????erate -0.0005 ??С??c????????M?r?g?s????c
????????????run??? ??????run??ε?in???
???????x?x????output???????????????????
????ε???????????CLAMMPS???????N???

deform?????????timestep?ж??]???P?S
?????timestep=0.0001????1000 ????????????????Α??-0.00005
????????r?? -0.0001 ??????? -0.00015.....
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7楼2013-12-18 14:19:17
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韩欢欢

金虫 (初入文坛)
???????:
7?: Originally posted by ashioulou at 2013-12-18 14:19:17
????????h????????erate -0.0005 ??С??c????????M?r?g?s????c
????????????run??? ??????run??ε?in???
???????x?x????output???????????????????
????ε???????????CLAMMPS???? ...

??????????????????????????????????run400??????????
???????????????????????????????????????????????????????????????strain rate -0.01 ,run??20000????timestep ??0.001?????1?????0.01???????????????????????https://icme.hpc.msstate.edu/med ... LAMMPS_input_script
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Demi
8楼2013-12-18 17:24:17
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韩欢欢

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 韩欢欢 at 2013-12-18 17:24:17
嗯，我先试试您说的这个方法。如果这样我run400步就可以了。
不过我还是有疑问，发了了连接您，这个是在网上看的单轴压缩例子，例子中是strain rate -0.01 ,run了20000步，timestep 是0.001，是每1步压缩0.01，照 ...

先谢谢您耐心的回复哈
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Demi
9楼2013-12-18 17:24:59
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leoluode

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 韩欢欢 at 2013-12-18 17:24:59
先谢谢您耐心的回复哈...

不知道楼主现在还在做分子模拟没有？想问您一下，最后您的应变计算出来还是20%吗
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10楼2016-07-25 11:45:13
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