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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 在lammps中怎么在模拟体系最顶端定义一个原子啊
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md模拟

新虫 (初入文坛)

[求助] 在lammps中怎么在模拟体系最顶端定义一个原子啊 已有2人参与

求大神给说一下，用lammps软件在整个模拟体系中怎么人为选取一个原子，是要用坐标来表示吗在手册中可以查到吗

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1楼 2016-12-03 17:33:42
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gredream

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
2楼2016-12-03 22:44:48
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md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gredream at 2016-12-03 22:44:48
id

谢谢没看到，用group id的话，怎么知道原子的位置信息呢，我是用的lammps建的模型，希望能帮助一下

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3楼2016-12-05 14:49:55
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gredream

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
4楼2016-12-05 14:58:04
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md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gredream at 2016-12-05 14:58:04
VMD里看呀，用 0<x and x<1 and y>10 and y<21 and z>15 and z<16选择到你想看的原子，找到id的编号，让group id 他在in文件中选中...

就是说先在lammps中建立模型之后，直接运行就可以在vmd中看到了吗，直接打你刚才的命令就可以了？一直在搞这个不知道怎么弄，谢谢帮助大神

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5楼2016-12-05 17:45:26
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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引用回帖:
5楼: Originally posted by md模拟 at 2016-12-05 17:45:26
就是说先在lammps中建立模型之后，直接运行就可以在vmd中看到了吗，直接打你刚才的命令就可以了？一直在搞这个不知道怎么弄，谢谢帮助大神
...

把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等，用vmd打开确认是哪个原子
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gromacs
6楼2016-12-05 20:36:56
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md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2016-12-05 20:36:56
把你lammps的data文件里的原子的坐标写出xyz文件或者gro文件等等，用vmd打开确认是哪个原子...

谢谢大神回复，主要是我用的lammps建的模型，没有data文件啊，这我就是想在模拟体系最顶端设定一个原子，所以不知道在模拟体系这个原子的id

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7楼2016-12-05 21:10:09
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