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shuting1994新虫 (小有名气)
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Lammps并行速度比串行速度慢很多，是什么原因呢？ 已有3人参与
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自己在服务器上安装的并行lammps，以一个4千原子1万步的脚本为例子，发现并行输入mpirun -n 28 lmp_mpi < in.text. 输出log里显示1 by 14 by 2 mpi processor grid ,说明应该是并行计算了，结果算了32分19秒；同样的脚本我输入串行lmp_serial < in.bn，结果2分08秒就算出来了，心塞的不行，请问有哪位高手知道这是什么原因？多谢 发自小木虫Android客户端 |
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4楼2016-12-02 12:31:38
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好的，谢谢你的建议！我后来确实测试了其他核数，也确实出现了核数多时间反而满下来的情况，这里我还有一个疑问，因为我选择的体系很小，所以我有点担心结果是否准确，请问你做过类似测试吗，一般选取多长测试时间比较合适呢？ 发自小木虫Android客户端 |
6楼2016-12-02 19:45:38
shuting1994
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是的，因为我的体系很小，我后来对自己的结果也产生怀疑，请问你做过类似测试吗，体系的计算时间选取多长比较合适呢？还有请问你所提到的数据通讯和数据交流分别指什么意思呢？我的理解是数据通讯是指数据从我的端口提交到服务器所花的时间，是这样的吗，太感谢你啦！ 发自小木虫Android客户端 |
7楼2016-12-02 19:50:34
8楼2016-12-02 20:06:19
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我没说清楚，是运行时的屏幕显示信息，一般都通过> 或get 重定向到一个文件里，里面有关于comm time的比例。 Pair time (%) = 682.588 (58.6658) Neigh time (%) = 1.25649 (0.10799) Comm time (%) = 401.952 (34.5463) Outpt time (%) = 0.3374 (0.0289982) Other time (%) = 77.3855 (6.65098) |
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9楼2016-12-05 08:07:49
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比方说我在提交任务的时候，可以这样mpirun -n 核数 lmp_mpi < in.text >out.put，然后在在out.put文件里查看时间信息吗？还是你的服务器里安装了类似pbs之类的提交软件，可以在输出文件里查看时间信息呢？~ 发自小木虫Android客户端 |
10楼2016-12-05 11:58:52
