| 查看: 5469 | 回复: 14 | |||
shuting1994新虫 (小有名气)
|
[求助]
Lammps并行速度比串行速度慢很多，是什么原因呢？ 已有3人参与
|
|
自己在服务器上安装的并行lammps，以一个4千原子1万步的脚本为例子，发现并行输入mpirun -n 28 lmp_mpi < in.text. 输出log里显示1 by 14 by 2 mpi processor grid ,说明应该是并行计算了，结果算了32分19秒；同样的脚本我输入串行lmp_serial < in.bn，结果2分08秒就算出来了，心塞的不行，请问有哪位高手知道这是什么原因？多谢 发自小木虫Android客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
基因测序5年增速500倍！摩尔定律怎么办？
已经有1人回复
- lammps编译好的并行程序可以放在另一台电脑直接用吗？
已经有0人回复
- fix deposit沉积原子被反弹
已经有11人回复
- lammps并行调用不了多个核
已经有3人回复
- 并行计算通信方式
已经有3人回复
- 关于towhee 回答zhang_jaj的问题
已经有44人回复
- 【求助】Lammps 多机并行的问题
已经有11人回复
abinitio
版主 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 221 (大学生)
- 贵宾: 0.093
- 金币: 7365.2
- 散金: 3917
- 红花: 57
- 帖子: 1317
- 在线: 485.2小时
- 虫号: 368545
- 注册: 2007-05-11
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
2楼2016-12-01 08:29:16
3楼2016-12-02 09:43:21
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shuting1994: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-12-02 19:46:04
感谢参与，应助指数 +1
shuting1994: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-12-02 19:46:04
|
本帖内容被屏蔽 |
4楼2016-12-02 12:31:38
shuting1994
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 544.8
- 散金: 501
- 红花: 5
- 帖子: 299
- 在线: 78.8小时
- 虫号: 4795892
- 注册: 2016-06-25
- 专业: 分析化学
5楼2016-12-02 19:43:44
shuting1994
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 544.8
- 散金: 501
- 红花: 5
- 帖子: 299
- 在线: 78.8小时
- 虫号: 4795892
- 注册: 2016-06-25
- 专业: 分析化学
送红花一朵 |
好的，谢谢你的建议！我后来确实测试了其他核数，也确实出现了核数多时间反而满下来的情况，这里我还有一个疑问，因为我选择的体系很小，所以我有点担心结果是否准确，请问你做过类似测试吗，一般选取多长测试时间比较合适呢？ 发自小木虫Android客户端 |
6楼2016-12-02 19:45:38
shuting1994
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 544.8
- 散金: 501
- 红花: 5
- 帖子: 299
- 在线: 78.8小时
- 虫号: 4795892
- 注册: 2016-06-25
- 专业: 分析化学
|
是的，因为我的体系很小，我后来对自己的结果也产生怀疑，请问你做过类似测试吗，体系的计算时间选取多长比较合适呢？还有请问你所提到的数据通讯和数据交流分别指什么意思呢？我的理解是数据通讯是指数据从我的端口提交到服务器所花的时间，是这样的吗，太感谢你啦！ 发自小木虫Android客户端 |
7楼2016-12-02 19:50:34
8楼2016-12-02 20:06:19
abinitio
版主 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 221 (大学生)
- 贵宾: 0.093
- 金币: 7365.2
- 散金: 3917
- 红花: 57
- 帖子: 1317
- 在线: 485.2小时
- 虫号: 368545
- 注册: 2007-05-11
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
|
我没说清楚，是运行时的屏幕显示信息，一般都通过> 或get 重定向到一个文件里，里面有关于comm time的比例。 Pair time (%) = 682.588 (58.6658) Neigh time (%) = 1.25649 (0.10799) Comm time (%) = 401.952 (34.5463) Outpt time (%) = 0.3374 (0.0289982) Other time (%) = 77.3855 (6.65098) |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
9楼2016-12-05 08:07:49
shuting1994
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 544.8
- 散金: 501
- 红花: 5
- 帖子: 299
- 在线: 78.8小时
- 虫号: 4795892
- 注册: 2016-06-25
- 专业: 分析化学
送红花一朵 |
比方说我在提交任务的时候，可以这样mpirun -n 核数 lmp_mpi < in.text >out.put，然后在在out.put文件里查看时间信息吗？还是你的服务器里安装了类似pbs之类的提交软件，可以在输出文件里查看时间信息呢？~ 发自小木虫Android客户端 |
10楼2016-12-05 11:58:52
5