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shuting1994

新虫 (小有名气)

[求助] Lammps并行速度比串行速度慢很多,是什么原因呢? 已有3人参与

自己在服务器上安装的并行lammps,以一个4千原子1万步的脚本为例子,发现并行输入mpirun -n 28 lmp_mpi < in.text. 输出log里显示1 by 14 by 2 mpi processor grid ,说明应该是并行计算了,结果算了32分19秒;同样的脚本我输入串行lmp_serial < in.bn,结果2分08秒就算出来了,心塞的不行,请问有哪位高手知道这是什么原因?多谢

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abinitio

版主 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by shuting1994 at 2016-12-02 19:43:44
我还是新手,是用的SSH端口连接的服务器,这里我只能从log文件里看到计算总时间,请问comm time应该从哪里看到呢?
...

我没说清楚,是运行时的屏幕显示信息,一般都通过> 或get 重定向到一个文件里,里面有关于comm time的比例。

Pair  time (%) = 682.588 (58.6658)
Neigh time (%) = 1.25649 (0.10799)
Comm  time (%) = 401.952 (34.5463)
Outpt time (%) = 0.3374 (0.0289982)
Other time (%) = 77.3855 (6.65098)

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9楼2016-12-05 08:07:49
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查看全部 15 个回答

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看看log文件里的comm time 占百分比是多少?

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-12-01 08:29:16
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y.q.liu

金虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议你做些其它核数的测试,比如2 4  8 等看看,有的确实核数多反而慢的

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2016-12-02 09:43:21
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gredream

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shuting1994: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-12-02 19:46:04
本帖内容被屏蔽

4楼2016-12-02 12:31:38
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