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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 细菌 16S rRNA 测序 双峰
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15516735873

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌 16S rRNA 测序 双峰 已有4人参与

用16S rRNA基因鉴定菌种，凝胶电泳有拖带现象，PCR测序结果总是正向双峰，反向正常，是什么原因，怎么破

细菌 16S rRNA  测序 双峰
W20161014.jpg
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天生我才必有用
1楼 2016-10-18 22:19:13
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那山那水那人

新虫 (初入文坛)
你这初步判断是引物和模板没有结合上，你可以直接拿模板与这个PCR产物一块点样做对照看看

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3楼2016-10-18 22:39:30
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普通回帖

那山那水那人

新虫 (初入文坛)
你这应该是2000的maker，16S一般只有1300～1500bp。

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2楼2016-10-18 22:36:25
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)
换个测序引物试试

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4楼2016-10-19 00:02:15
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runrain

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
之前好像也遇到过这种情况，我的好些是开始出现杂峰的位置有连续几个G碱基，具体可以咨询测序公司，他们比较有经验。针对这种情况，可以反向单向测通，需要设计引物，不过都可以交给测序公司做，你只要出引物合成的费用。16s单向测通的话，再设计多两个引物就能测通了。

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5楼2016-10-19 09:13:38
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
纯在突变，常见。
克隆测序。
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6楼2016-10-19 11:43:24
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做

【答案】应助回帖

商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
感谢参与，应助指数 +1
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7楼2016-10-19 15:55:08
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kshdd

金虫 (著名写手)
有这种现象发生，具体原因忘记了，换基因吧。gyrB可以考虑

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8楼2016-10-20 13:40:38
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wyhwjm100

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

测序双峰，表明您的PCR产物不单一，最根本的是您的菌未完全分离，仍有杂菌存在，建议继续划线培养，然后菌P测序检测
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9楼2016-10-28 19:57:31
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二十一业

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wyhwjm100 at 2016-10-28 19:57:31
测序双峰，表明您的PCR产物不单一，最根本的是您的菌未完全分离，仍有杂菌存在，建议继续划线培养，然后菌P测序检测

我也觉得是PCR产物不单一，导致不单一的情况，可能是有杂菌，也可能是纯菌，只是菌基因组中有多拷贝的16S核糖体序列，并且这些拷贝不完全一样。
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10楼2016-11-04 11:07:51
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