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15516735873

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌 16S rRNA 测序 双峰 已有4人参与

用16S rRNA基因鉴定菌种,凝胶电泳有拖带现象,PCR测序结果总是正向双峰,反向正常,是什么原因,怎么破

细菌 16S rRNA  测序 双峰
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那山那水那人

新虫 (初入文坛)

你这初步判断是引物和模板没有结合上,你可以直接拿模板与这个PCR产物一块点样做对照看看

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3楼2016-10-18 22:39:30
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普通回帖

那山那水那人

新虫 (初入文坛)

你这应该是2000的maker,16S一般只有1300~1500bp。

发自小木虫Android客户端
2楼2016-10-18 22:36:25
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

4楼2016-10-19 00:02:15
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runrain

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
之前好像也遇到过这种情况,我的好些是开始出现杂峰的位置有连续几个G碱基,具体可以咨询测序公司,他们比较有经验。针对这种情况,可以反向单向测通,需要设计引物,不过都可以交给测序公司做,你只要出引物合成的费用。16s单向测通的话,再设计多两个引物就能测通了。

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-10-19 09:13:38
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
纯在突变,常见。
克隆测序。
6楼2016-10-19 11:43:24
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做


【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
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7楼2016-10-19 15:55:08
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kshdd

金虫 (著名写手)

有这种现象发生,具体原因忘记了,换基因吧。gyrB可以考虑

发自小木虫Android客户端
8楼2016-10-20 13:40:38
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wyhwjm100

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

测序双峰,表明您的PCR产物不单一,最根本的是您的菌未完全分离,仍有杂菌存在,建议继续划线培养,然后菌P测序检测
9楼2016-10-28 19:57:31
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二十一业

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wyhwjm100 at 2016-10-28 19:57:31
测序双峰,表明您的PCR产物不单一,最根本的是您的菌未完全分离,仍有杂菌存在,建议继续划线培养,然后菌P测序检测

我也觉得是PCR产物不单一,导致不单一的情况,可能是有杂菌,也可能是纯菌,只是菌基因组中有多拷贝的16S核糖体序列,并且这些拷贝不完全一样。
10楼2016-11-04 11:07:51
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