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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎样用一段基因和基因组的序列进行比对呢？
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菱紫369

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样用一段基因和基因组的序列进行比对呢？

求助：我想要做一个苜蓿的基因定量，可是没有序列不能设计引物，所以想拿拟南芥的这个基因和苜蓿的基因组进行比对，得到序列后设计引物，可是不知道这么做对不对，还有不知道怎么比对？如果想法不对请知道的大神指点！急急急！有谁知道请帮忙，万分感谢！

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1楼 2016-10-16 15:44:19
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

李保磊

金虫 (著名写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-10-16 22:22:38
可以先去NCBI将苜蓿的序列全部下载下来，然后blast，这样才可靠，你要是拟南芥的话，必须找一些保守区域，也有可能出现问题，而且费些时间

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菱紫369
做最棒的自己！！
4楼2016-10-16 19:42:20
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ygidtu

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 菱紫369 at 2016-10-16 20:02:34
有蒺藜苜蓿的全基因组了，我用NCBI在线比对可以嘛？
...

可以的，跑一个blast看一下亲缘性应该就可以，看拟南芥的那段序列到底和你要的那个基因匹不匹配

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7楼2016-10-16 20:13:10
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luckydog52

木虫 (著名写手)
拿拟南芥的这段基因，在nc b i比对。在得到的结果中选择苜蓿

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自信源于一次次成功的积累
15楼2016-10-19 16:29:04
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普通回帖

ygidtu

新虫 (正式写手)
看一下序列相似度，相似程度够高，应该可以做一下试一试

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2楼2016-10-16 19:38:15
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ygidtu

新虫 (正式写手)
至于比对的话，先找一下有没有苜蓿的基因组数据再说吧

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菱紫369
3楼2016-10-16 19:39:29
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菱紫369

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 李保磊 at 2016-10-16 19:42:20
可以先去NCBI将苜蓿的序列全部下载下来，然后blast，这样才可靠，你要是拟南芥的话，必须找一些保守区域，也有可能出现问题，而且费些时间

不下载下来比，用NCBI在线的双序列比对可以吗？怎么区分是保守区域还是不保守区域呢？我用在线的双序列比对拿拟南芥的几丁质酶基因和蒺藜苜蓿的全基因组比对，没比对出来！我这m做是不是不对啊……

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5楼2016-10-16 20:01:08
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菱紫369

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by ygidtu at 2016-10-16 19:39:29
至于比对的话，先找一下有没有苜蓿的基因组数据再说吧

有蒺藜苜蓿的全基因组了，我用NCBI在线比对可以嘛？

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6楼2016-10-16 20:02:34
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菱紫369

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ygidtu at 2016-10-16 20:13:10
可以的，跑一个blast看一下亲缘性应该就可以，看拟南芥的那段序列到底和你要的那个基因匹不匹配
...

哦哦，貌似我还没找到，比对不出来呢！

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8楼2016-10-16 20:15:11
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ygidtu

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 菱紫369 at 2016-10-16 20:15:11
哦哦，貌似我还没找到，比对不出来呢！
...

如果本地有序列不行就本地跑一下看看

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9楼2016-10-16 20:16:04
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菱紫369

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ygidtu at 2016-10-16 20:16:04
如果本地有序列不行就本地跑一下看看
...

呼呼！急的就是因为没有序列啊

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10楼2016-10-16 20:20:49
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