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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎样用一段基因和基因组的序列进行比对呢？
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菱紫369

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样用一段基因和基因组的序列进行比对呢？

求助：我想要做一个苜蓿的基因定量，可是没有序列不能设计引物，所以想拿拟南芥的这个基因和苜蓿的基因组进行比对，得到序列后设计引物，可是不知道这么做对不对，还有不知道怎么比对？如果想法不对请知道的大神指点！急急急！有谁知道请帮忙，万分感谢！

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1楼 2016-10-16 15:44:19
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菱紫369

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by ygidtu at 2016-10-16 19:39:29
至于比对的话，先找一下有没有苜蓿的基因组数据再说吧

有蒺藜苜蓿的全基因组了，我用NCBI在线比对可以嘛？

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6楼2016-10-16 20:02:34
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ygidtu

新虫 (正式写手)
看一下序列相似度，相似程度够高，应该可以做一下试一试

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2楼2016-10-16 19:38:15
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ygidtu

新虫 (正式写手)
至于比对的话，先找一下有没有苜蓿的基因组数据再说吧

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菱紫369
3楼2016-10-16 19:39:29
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李保磊

金虫 (著名写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-10-16 22:22:38
可以先去NCBI将苜蓿的序列全部下载下来，然后blast，这样才可靠，你要是拟南芥的话，必须找一些保守区域，也有可能出现问题，而且费些时间

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菱紫369
做最棒的自己！！
4楼2016-10-16 19:42:20
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