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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助 全基因组测序后 多位点序列分型/分析MLST/MLSA
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mimi_pudding

金虫 (小有名气)

[求助] 求助 全基因组测序后 多位点序列分型/分析MLST/MLSA 已有1人参与

我们有一篇文章投稿，做的是：分离得到一株贪铜菌Cupriavidus菌，通过16S鉴定为贪铜菌属，后续做降解性能呀之类的很多

现在审稿意见认为，菌种鉴定应该补做MLSA。请问是现在16S已经认为不足以说明问题了么？
我们这株菌已经做了全基因组测序，我的基因组中可以搜索到atpD, glnII, recA等多个housekeeping genes。想请问后续应该怎么做MLSA?  

据说需要在一些pubmlsa等网站比对，但是我没有看到有贪铜菌属相关的标准菌株，请问可以做么？

修改时间紧急，我也着急。

谢谢大家！！
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1楼 2016-10-08 17:11:50
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)
刚看了一下，你要真的想做MLSA，好像不太好好办！除非这个属的标准菌株你都有

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mimi_pudding
2楼2016-10-08 17:39:23
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mimi_pudding

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2016-10-08 17:39:23
刚看了一下，你要真的想做MLSA，好像不太好好办！除非这个属的标准菌株你都有

谢谢~
我们没有这个属的其他标准菌株，但是标准参考菌株的序列，网上标准库应该能下载到吧？

看其他人文献，是什么把7种或更多housekeeping genes序列拿到以后比对？完全不知道应该怎么做

头一次知道。。。16S鉴定居然不被认可。。。
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3楼2016-10-08 21:07:18
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by mimi_pudding at 2016-10-08 21:07:18
谢谢~
我们没有这个属的其他标准菌株，但是标准参考菌株的序列，网上标准库应该能下载到吧？

看其他人文献，是什么把7种或更多housekeeping genes序列拿到以后比对？完全不知道应该怎么做

头一次知道。。。 ...

关键是MLST数据库没有这个属的看家基因的数据吧！

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4楼2016-10-09 00:08:50
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