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mimi_pudding

金虫 (小有名气)

[求助] 求助 全基因组测序后 多位点序列分型/分析MLST/MLSA 已有1人参与

我们有一篇文章投稿,做的是:分离得到一株贪铜菌Cupriavidus菌,通过16S鉴定为贪铜菌属,后续做降解性能呀之类的很多

现在审稿意见认为,菌种鉴定应该补做MLSA。请问是现在16S已经认为不足以说明问题了么?
我们这株菌已经做了全基因组测序,我的基因组中可以搜索到atpD, glnII, recA等多个housekeeping genes。想请问后续应该怎么做MLSA?  

据说需要在一些pubmlsa等网站比对,但是我没有看到有贪铜菌属相关的标准菌株,请问可以做么?

修改时间紧急,我也着急。

谢谢大家!!
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

刚看了一下,你要真的想做MLSA,好像不太好好办!除非这个属的标准菌株你都有

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2楼2016-10-08 17:39:23
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mimi_pudding

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2016-10-08 17:39:23
刚看了一下,你要真的想做MLSA,好像不太好好办!除非这个属的标准菌株你都有

谢谢~
我们没有这个属的其他标准菌株,但是标准参考菌株的序列,网上标准库应该能下载到吧?

看其他人文献,是什么把7种或更多housekeeping genes序列拿到以后比对?完全不知道应该怎么做

头一次知道。。。16S鉴定居然不被认可。。。
3楼2016-10-08 21:07:18
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by mimi_pudding at 2016-10-08 21:07:18
谢谢~
我们没有这个属的其他标准菌株,但是标准参考菌株的序列,网上标准库应该能下载到吧?

看其他人文献,是什么把7种或更多housekeeping genes序列拿到以后比对?完全不知道应该怎么做

头一次知道。。。 ...

关键是MLST数据库没有这个属的看家基因的数据吧!

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4楼2016-10-09 00:08:50
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