24小时热门版块排行榜

返回列表

mzqpony

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 917.3
帖子: 609
在线: 66.7小时
虫号: 604806

[交流] 【求助/交流】全基因组精细图或简图绘制

各位虫友：
目前我们实验室对一株细菌全基因组进行了测序，公司只给了序列并注释，但是没有精细图谱和简图，也没有区分染色体和质粒。本人查了好多资料也没弄懂怎么办。请在这方面做过的虫友指点一下，怎么做精细图或简图，都需要什么软件，方法？可以在哪里查到相关资料，不胜感激。谢谢

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

固体酸与精细化工已经有14人回复
如何绘制费米面附近某条能带的波函数已经有10人回复
[精细化工版活动帖]学习化学化工区“发求助帖”版规有奖已经有26人回复
【资料】番茄基因组完成测序（附Nature全文）已经有73人回复
请大家帮我分析一下这张植物块根中提取的基因组DNA电泳图片已经有7人回复
尖孢镰刀菌基因组有多大？全基因组测序的费用大概多少？已经有4人回复
一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费？已经有18人回复
【Journal Club】第3讲水稻全基因组基因网络生物信息学平台的建立已经有33人回复
真菌基因组DAN提取图片，求高人指点已经有20人回复
白菜全基因组图谱“谜底”揭晓已经有10人回复
【求助/交流】急求大家帮我分析一下我的基因组DNA电泳图已经有3人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-03-07 15:47:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

genomelin

银虫 (小有名气)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 397.3
帖子: 212
在线: 75.8小时
虫号: 301910

★ ★ ★ ★
mzqpony(金币+4):谢谢参与
最爱花诗雨(金币+3): 鼓励参与~欢迎常来木虫交流 2011-03-07 18:25:17
mzqpony(金币+10): 谢谢，能不能留个联系方式，QQ或E-mail 2011-03-08 09:46:42

引用回帖:

Originally posted by mzqpony at 2011-03-07 15:47:30:
各位虫友：
目前我们实验室对一株细菌全基因组进行了测序，公司只给了序列并注释，但是没有精细图谱和简图，也没有区分染色体和质粒。本人查了好多资料也没弄懂怎么办。请在这方面做过的虫友指点一下，怎么做 ...

既然公司已经给你做全基因组测序，那么应该是精细图，Genome graphy 的软件有很多，eg: CGview；不过一般都是自己用perl+svg package 画的。
看给你的序列是什么样子的，只是一个contig那就是全基因组应该，
如果只是测scaffold，那么你只有基因注释的结果可以用，根据这个提出基因序列进行功能、进化分析等，
全基因组测序（肯定有gap filling 等步骤），并且你要求给出质粒了，那么很容易在注释结果里发现哪个contig是质粒的序列，据我所知质粒应该是很好测到并补上gap的。
其实对于细菌来说，也没啥精细和简图分别吧。