应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】全基因组精细图或简图绘制
51/1返回列表
查看: 1309  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mzqpony

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】全基因组精细图或简图绘制

各位虫友：
    目前我们实验室对一株细菌全基因组进行了测序，公司只给了序列并注释，但是没有精细图谱和简图，也没有区分染色体和质粒。本人查了好多资料也没弄懂怎么办。请在这方面做过的虫友指点一下，怎么做精细图或简图，都需要什么软件，方法？可以在哪里查到相关资料，不胜感激。谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-07 15:47:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangxn2010

木虫 (著名写手)
★
mzqpony(金币+4):谢谢参与
同意楼上的观点
回复此楼
3楼2011-03-08 13:15:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

genomelin

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
mzqpony(金币+4):谢谢参与
最爱花诗雨(金币+3): 鼓励参与~欢迎常来木虫交流 2011-03-07 18:25:17
mzqpony(金币+10): 谢谢，能不能留个联系方式，QQ或E-mail 2011-03-08 09:46:42
引用回帖:
Originally posted by mzqpony at 2011-03-07 15:47:30:
各位虫友：
    目前我们实验室对一株细菌全基因组进行了测序，公司只给了序列并注释，但是没有精细图谱和简图，也没有区分染色体和质粒。本人查了好多资料也没弄懂怎么办。请在这方面做过的虫友指点一下，怎么做 ...

既然公司已经给你做全基因组测序，那么应该是精细图，Genome graphy 的软件有很多，eg: CGview； 不过一般都是自己用perl+svg package 画的。
看给你的序列是什么样子的，只是一个contig那就是全基因组应该，
如果只是测scaffold，那么你只有基因注释的结果可以用，根据这个提出基因序列进行功能、进化分析等，
全基因组测序（肯定有gap filling 等步骤），并且你要求给出质粒了，那么很容易在注释结果里发现哪个contig是质粒的序列，据我所知质粒应该是很好测到并补上gap的。
其实对于细菌来说，也没啥精细和简图分别吧。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-03-07 18:15:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 336化工调剂 +3 王大坦1 2026-03-23 4/200 2026-03-23 11:07 by laoshidan
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂 +4 幸运的酱酱 2026-03-22 5/250 2026-03-22 20:15 by edmund7
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 生物学一志愿985，分数349求调剂 +4 zxts12 2026-03-21 7/350 2026-03-22 09:57 by zxts12
[考研] 一志愿华中科技大学071000，求调剂 +4 沿岸有贝壳6 2026-03-21 4/200 2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 材料工程专硕 348分求调剂 +3 冬辞. 2026-03-17 5/250 2026-03-21 18:47 by 学员8dgXkO
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 材料工程（专）一志愿985 初试335求调剂 +3 hiloiy 2026-03-17 4/200 2026-03-21 03:04 by JourneyLucky
[考研] 083200学硕321分一志愿暨南大学求调剂 +3 innocenceF 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:35 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 南京大学化学376求调剂 +3 hisfailed 2026-03-19 6/300 2026-03-20 23:43 by hisfailed
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 本科郑州大学物理学院，一志愿华科070200学硕，346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭