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mzqpony

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助/交流】全基因组精细图或简图绘制

各位虫友：
目前我们实验室对一株细菌全基因组进行了测序，公司只给了序列并注释，但是没有精细图谱和简图，也没有区分染色体和质粒。本人查了好多资料也没弄懂怎么办。请在这方面做过的虫友指点一下，怎么做精细图或简图，都需要什么软件，方法？可以在哪里查到相关资料，不胜感激。谢谢

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1楼 2011-03-07 15:47:30

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genomelin

银虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★
mzqpony(金币+4):谢谢参与
最爱花诗雨(金币+3): 鼓励参与~欢迎常来木虫交流 2011-03-07 18:25:17
mzqpony(金币+10): 谢谢，能不能留个联系方式，QQ或E-mail 2011-03-08 09:46:42

引用回帖:

Originally posted by mzqpony at 2011-03-07 15:47:30:
各位虫友：
目前我们实验室对一株细菌全基因组进行了测序，公司只给了序列并注释，但是没有精细图谱和简图，也没有区分染色体和质粒。本人查了好多资料也没弄懂怎么办。请在这方面做过的虫友指点一下，怎么做 ...

既然公司已经给你做全基因组测序，那么应该是精细图，Genome graphy 的软件有很多，eg: CGview；不过一般都是自己用perl+svg package 画的。
看给你的序列是什么样子的，只是一个contig那就是全基因组应该，
如果只是测scaffold，那么你只有基因注释的结果可以用，根据这个提出基因序列进行功能、进化分析等，
全基因组测序（肯定有gap filling 等步骤），并且你要求给出质粒了，那么很容易在注释结果里发现哪个contig是质粒的序列，据我所知质粒应该是很好测到并补上gap的。
其实对于细菌来说，也没啥精细和简图分别吧。