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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » 大神求助，酶切，琼脂糖凝胶电泳，你所没见过的奇异情况，我无法解释
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殷筱婕

新虫 (初入文坛)

[求助] 大神求助，酶切，琼脂糖凝胶电泳，你所没见过的奇异情况，我无法解释

如图，这两个图的marker和dna样品都是同样的，一个是今天做的120v的电压（picture 1），还一个是昨天做的70v的电压（picture 2），可是却发现，按理说同样样品和marker，条带应该一致也与marker对应的位置一致，可是现在却显现的位置不一样了，请问这是为什么呢？有哪些可能造成的原因呢？谢谢
另外，我这个是酶切的鉴定（adeasy system， 最后一步用pac I 酶切线性化，然后转到293a细胞内。），泳道1,3是对照，没有酶切，2,4是pac I 酶切的，这样的结果算是酶切成功吗？
注释：TBE是0.5%， 胶的浓度是0.7% agarose。

大神求助，酶切，琼脂糖凝胶电泳，你所没见过的奇异情况，我无法解释
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大神求助，酶切，琼脂糖凝胶电泳，你所没见过的奇异情况，我无法解释-1
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1楼 2016-09-23 06:09:26
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ken19860823

木虫 (正式写手)
你TBE的胶为什么用TAE来跑呢，然后你的载体线性化怎么切成两段了（还是说没有完全线性化）。线性化一般要带质粒MARKER的，我们公司用的supercoil DNA ladder 估计你用不了，最大是1W3的好像，你的质粒应该在1W5以上吧。
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做基因修饰的老菜鸡
2楼2016-09-27 10:39:16
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殷筱婕

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ken19860823 at 2016-09-27 10:39:16
你TBE的胶为什么用TAE来跑呢，然后你的载体线性化怎么切成两段了（还是说没有完全线性化）。线性化一般要带质粒MARKER的，我们公司用的supercoil DNA ladder 估计你用不了，最大是1W3的好像，你的质粒应该在1W5以上 ...

我是用0.5%TBE配胶和跑胶的。我的质粒分子量在40kb左右，酶切之后应该是在36kb左右和一个3.5kb左右的条带，但是我用PAC I 酶切之后并没有出现这两个条带
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3楼2016-09-27 23:22:55
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ken19860823

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 殷筱婕 at 2016-09-27 23:22:55
我是用0.5%TBE配胶和跑胶的。我的质粒分子量在40kb左右，酶切之后应该是在36kb左右和一个3.5kb左右的条带，但是我用PAC I 酶切之后并没有出现这两个条带...

你测序通过没，如果你测序通过了，换一个大点的marker，只要你的那条大条带是36kb，基本没问题，如果不保险找一个单酶切位点做对照。电压控制在110V看看，时间跑长一下。最好能找到质粒marker.做酶切验证或者线性化没对照很头疼的，你的3KB小条带很可能由于你的酶切的量跟染料的关系不显示的，不过线性化的量一般是5ug左右，理论上是必须看得到的。
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做基因修饰的老菜鸡
4楼2016-09-28 09:12:31
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