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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » [求助]关于insightII中分子动力学模拟条件一说
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] [求助]关于insightII中分子动力学模拟条件一说

文献《Structural Molecular Dynamics Studies on Polyamidoamine Dendrimers for a Therapeutic Application: Effects of pH and Generation》中采取的条件是非截断值，距离介电常数条件，其中有这样一句话：We changed the vacuum dielectric constant (D ) 1) to the distant-dependent dielectric constant (D ) r) and compared the results with the data from simulations with water.可是这个r到底是怎么计算出来的？

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:17 ]
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1楼 2008-11-18 10:27:32
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lvyanniwin(金币+2,VIP+0):虽然没明白，但是人是个好人。
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
这个distant-dependent dielectric constant 是一个参数选项，是一个checked box类型的选择参数，而并不是一个需要填入的参数，这也意味着这个参数不用你手工干预计算，InsightII他自己知道该取个什么值。具体的这个值是多少，我也不清楚，还真没注意过，呵呵。估计仔细翻一下Tutorial应该有

求楼主把这篇 文献发给我看一下，谢谢了！
gaiwei@hotmail.com

[ Last edited by gwdavid on 2008-11-18 at 20:42 ]
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2楼2008-11-18 20:36:39
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
求楼主把这篇 文献发给我看一下，谢谢了！
gaiwei@hotmail.com
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3楼2008-11-18 20:40:04
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
以后要是有了心得，再发帖告诉一下如何？
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4楼2008-11-18 20:42:17
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
Absolutely no problem!
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5楼2008-11-18 20:43:31
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
楼主，这里贴不了图，我给你把菜单写下来你看看这个参数或许会透亮一些：
Docking ->Affinity -> SA _Docking->Energy parameters项下有个dis_dep_diel，这个参数前面有个小方框，可能文献里边的意思是不是就是把这个给选中了呢？
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6楼2008-11-18 20:48:13
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
文献已经发出。。。。
谢谢帮助。
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7楼2008-11-18 20:48:34
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
不是的，是discover——3下的specify中的有两个，一个是constant，一个是dist——dependent，下面有个diedlectric value（默认值是1），文献中的最优条件是dist——dependent，但是又说1是真空，r是最优选择，我就不明白r是怎么来的？
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8楼2008-11-18 20:52:00
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
我再发表一点愚见啊，呵呵，楼主莫笑，我刚刚看了一下你提示的菜单，又根据文献中的话看了一下，虽然我也不知道这个r到底是怎么来的，（这个是没法算的啊，怎么算？？？不可能啊，只能是自己设参数）会不会是他编了个参数，这样的话，意思就应该这样理解：
      Tutorial里边说1.0是默认值，而他这也说是默认的，而且是真空的，那么就意味着这个参数默认就是真空中的模拟而不加介质时为1.0  ， 当想更加真实时就要改变参数了，然后呢，作者就随便设了一个参数，之后与实际的“加水模拟”过程的结果进行比较。目的是考察这个参数设多少合适。。。
       我随便想的，不知道对不对啊，哈哈，因为我还没看到文献
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9楼2008-11-18 21:07:14
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
恩，果然同是天涯什么什么人，关键就是在文章的结尾也没讲出到底什么是r的值，反正我上届就是取长补短了，选了1，然后又选了dist——dependent这个条件，但是感觉有点不伦不类的。r文中说是i，j两个原子之间的距离。
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10楼2008-11-18 21:17:17
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