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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » [求助]关于insightII中分子动力学模拟条件一说
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] [求助]关于insightII中分子动力学模拟条件一说

文献《Structural Molecular Dynamics Studies on Polyamidoamine Dendrimers for a Therapeutic Application: Effects of pH and Generation》中采取的条件是非截断值，距离介电常数条件，其中有这样一句话：We changed the vacuum dielectric constant (D ) 1) to the distant-dependent dielectric constant (D ) r) and compared the results with the data from simulations with water.可是这个r到底是怎么计算出来的？

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:17 ]
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1楼 2008-11-18 10:27:32
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
不是的，是discover——3下的specify中的有两个，一个是constant，一个是dist——dependent，下面有个diedlectric value（默认值是1），文献中的最优条件是dist——dependent，但是又说1是真空，r是最优选择，我就不明白r是怎么来的？
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8楼2008-11-18 20:52:00
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lvyanniwin(金币+2,VIP+0):虽然没明白，但是人是个好人。
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
这个distant-dependent dielectric constant 是一个参数选项，是一个checked box类型的选择参数，而并不是一个需要填入的参数，这也意味着这个参数不用你手工干预计算，InsightII他自己知道该取个什么值。具体的这个值是多少，我也不清楚，还真没注意过，呵呵。估计仔细翻一下Tutorial应该有

求楼主把这篇 文献发给我看一下，谢谢了！
gaiwei@hotmail.com

[ Last edited by gwdavid on 2008-11-18 at 20:42 ]
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-11-18 20:36:39
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
求楼主把这篇 文献发给我看一下，谢谢了！
gaiwei@hotmail.com
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-11-18 20:40:04
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
以后要是有了心得，再发帖告诉一下如何？
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4楼2008-11-18 20:42:17
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