应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » [求助]关于insightII中分子动力学模拟条件一说
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 793  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] [求助]关于insightII中分子动力学模拟条件一说

文献《Structural Molecular Dynamics Studies on Polyamidoamine Dendrimers for a Therapeutic Application: Effects of pH and Generation》中采取的条件是非截断值，距离介电常数条件，其中有这样一句话：We changed the vacuum dielectric constant (D ) 1) to the distant-dependent dielectric constant (D ) r) and compared the results with the data from simulations with water.可是这个r到底是怎么计算出来的？

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:17 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2008-11-18 10:27:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lvyanniwin(金币+2,VIP+0):虽然没明白，但是人是个好人。
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
这个distant-dependent dielectric constant 是一个参数选项，是一个checked box类型的选择参数，而并不是一个需要填入的参数，这也意味着这个参数不用你手工干预计算，InsightII他自己知道该取个什么值。具体的这个值是多少，我也不清楚，还真没注意过，呵呵。估计仔细翻一下Tutorial应该有

求楼主把这篇 文献发给我看一下，谢谢了！
gaiwei@hotmail.com

[ Last edited by gwdavid on 2008-11-18 at 20:42 ]
赞一下(10人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-11-18 20:36:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
求楼主把这篇 文献发给我看一下，谢谢了！
gaiwei@hotmail.com
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-11-18 20:40:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvyanniwin

木虫 (正式写手)
以后要是有了心得，再发帖告诉一下如何？
赞一下 回复此楼
4楼2008-11-18 20:42:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
Absolutely no problem!
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2008-11-18 20:43:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
楼主，这里贴不了图，我给你把菜单写下来你看看这个参数或许会透亮一些：
Docking ->Affinity -> SA _Docking->Energy parameters项下有个dis_dep_diel，这个参数前面有个小方框，可能文献里边的意思是不是就是把这个给选中了呢？
赞一下(10人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
6楼2008-11-18 20:48:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvyanniwin

木虫 (正式写手)
文献已经发出。。。。
谢谢帮助。
赞一下 回复此楼
7楼2008-11-18 20:48:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvyanniwin

木虫 (正式写手)
不是的，是discover——3下的specify中的有两个，一个是constant，一个是dist——dependent，下面有个diedlectric value（默认值是1），文献中的最优条件是dist——dependent，但是又说1是真空，r是最优选择，我就不明白r是怎么来的？
赞一下 回复此楼
8楼2008-11-18 20:52:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
我再发表一点愚见啊，呵呵，楼主莫笑，我刚刚看了一下你提示的菜单，又根据文献中的话看了一下，虽然我也不知道这个r到底是怎么来的，（这个是没法算的啊，怎么算？？？不可能啊，只能是自己设参数）会不会是他编了个参数，这样的话，意思就应该这样理解：
      Tutorial里边说1.0是默认值，而他这也说是默认的，而且是真空的，那么就意味着这个参数默认就是真空中的模拟而不加介质时为1.0  ， 当想更加真实时就要改变参数了，然后呢，作者就随便设了一个参数，之后与实际的“加水模拟”过程的结果进行比较。目的是考察这个参数设多少合适。。。
       我随便想的，不知道对不对啊，哈哈，因为我还没看到文献
赞一下(10人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
9楼2008-11-18 21:07:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvyanniwin

木虫 (正式写手)
恩，果然同是天涯什么什么人，关键就是在文章的结尾也没讲出到底什么是r的值，反正我上届就是取长补短了，选了1，然后又选了dist——dependent这个条件，但是感觉有点不伦不类的。r文中说是i，j两个原子之间的距离。
赞一下 回复此楼
10楼2008-11-18 21:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lvyanniwin 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +16 额cc 2026-04-06 17/850 2026-04-07 12:45 by rl1980
[考研] 一志愿211，0703化学305分求调剂 +11 严西西戏 2026-04-06 12/600 2026-04-07 10:33 by flydream1314
[考研] 266求调剂 +23 阳阳哇塞 2026-04-01 23/1150 2026-04-07 09:49 by piklet
[考研] 284求调剂 +11 梵@@ 2026-04-06 11/550 2026-04-07 09:33 by lovelychen
[考研] 085602化学工程268分蹲调剂 +10 月照花林。 2026-04-01 10/500 2026-04-07 08:51 by 晴空210210
[考研] 277工科求调剂 +10 1915668 2026-04-04 11/550 2026-04-06 23:53 by 心媛意北
[考研] 308求调剂 +11 墨墨漠 2026-04-06 11/550 2026-04-06 22:56 by 875465
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 10/500 2026-04-06 19:47 by jean5056
[考研] 求调剂！生物与医药专硕 +5 逆转陆先生 2026-04-01 6/300 2026-04-06 12:49 by lys0704
[考研] 调剂 一志愿吉林大学357分 +5 .Starry. 2026-04-04 5/250 2026-04-06 09:28 by cql1109
[考研] 求调剂求调剂 +8 121. 2026-04-02 8/400 2026-04-05 20:15 by lys0704
[考研] 272求调剂 +4 电气李 2026-04-05 4/200 2026-04-05 10:41 by lbsjt
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
[考研] 专硕310求调剂 +5 捞捞我…. 2026-04-04 6/300 2026-04-04 23:33 by barlinike
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-02 9/450 2026-04-04 22:07 by hemengdong
[考研] 求调剂 +4 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:07 by zrongyan
[考研] 320求调剂 +5 振—TZ 2026-04-02 5/250 2026-04-03 14:42 by fxue1114
[考研] 326分求调剂 +3 于是乎呢 2026-04-01 5/250 2026-04-03 14:23 by 于是乎呢
[考研] 324求调剂 +5 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 10:16 by sanrepian
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 13/650 2026-04-02 09:17 by olim
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭